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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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APCDD1L_chr20_58454101_58520399	58520302	T T	TAGGAGGA others(1129): Show TAGGAGGATGGGTAGGTGGATGGGAGTGAGATGGATGGGTGGACGGATGG ATAGATGGATGGATGAGTGGATGAGTGGGTGGATGGGTGGATGAATGGGT GGATGGGTCAGTAGGTGGATGAGCTGGTGGATTAATGGGTGGATGAGTGG GTGGGTAAATGGATAGATGGATAAATGGGTGAGTAGGTAGGTGAGTTAAT GGGGGGATGATTGATTGAATGGGTGAGTAAATGGGTGGCTGGGTGGATGG GTGGGCAGATGGGTGGATGAGTGAGTGGGTAGGTGGGTGGATAGGTGGGT GGGTTAATGACTGAGTGAATGGATAGGTAGATCAGGGAGGGAGTGAGTGA GTGGGTGGGTGGATGGTTGGGTGGGTGGTTGGATAGGTGAATGGGTGAGT GGATGCATAGGTGATGGATGGGTAGGTGGGTGGGCTAATGGGTGGGTGTG TGAGTGGGTGAGTGTATGGGTGGGTGGGTGGGTGGATAGACGGGAGGGTG GATAGGTGTGTGGGTGGGCAGGTGGGTGGGTGGATAAGTGGGAGGGTGGA TAGGTGGGTGGGTGGATAGGTGGGTGGGTGGGTGTATGGATAGGTGAATG GGTGAGTGGATGGATAGGTGACGGATGGGTAGGTGGGTGGGCTCATGAGT GGATGGGTGTGCAAGAAGGTTAGCATATGGGTGGGTGGATAGATGGGAGG GTAGATAGGTGTGTGGGTGGATAGGTGGGAAGGTGGATGGGTGGGTGGAT AGGTGGGTGGGTGGATAGGTGGGAGGGTGGATAGGCGGGAGGGTGGATAG GCGGGTGGGTGGATAGGCAGGTGGGTGGGTGGGTGGATGGATAGGTGAAT GGGTGAGTGGATAGATAGGTGATGGATGGGTAGGTGGGTGGGCTAATGAG TGGATGGGTGTGTGAGATGGTGAGTATATGGGTGGATGGGTGGGTGGGTG GATAGATGAGAGGGTGGATAGGTGTGTGGGTGGATAGGTGGGAAGATGGA TAGGTGGGTGGGTGGATAGGTGGGAGGGTGGATAGGCAGGTGGGTGGGTG GATGGATAGGTGAATGGGTGAGTGCATGGATAGGTGATGGATGAGTAGAT GGGTAGGCTAATGAGTGGATGGGTGTGTGACAGGGTG	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03540.hp2 others(3): Show HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03540.hp2 NA18959.hp1 NA19030.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0011 a0001c0014 others(1): Show a0001c0001 a0001c0011 a0001c0014 a0002c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 a0001c0011t0015 a0001c0014t0009 a0002c0002t0011	a0001c0001t0003g0120 a0001c0001t0007g0122 a0001c0001t0017g0266 others(3): Show a0001c0001t0003g0120 a0001c0001t0007g0122 a0001c0001t0017g0266 a0001c0011t0015g0121 a0001c0014t0009g0123 a0002c0002t0011g0119	6	376	0.0160	1136	c.-55 others(1147): Show c.-5596_-5595insCACCCTGTCACACACCCATCCACTCATTAGCCTA CCCATCTACTCATCCATCACCTATCCATGCACTCACCCATTCACCTATCC ATCCACCCACCCACCTGCCTATCCACCCTCCCACCTATCCACCCACCCAC CTATCCATCTTCCCACCTATCCACCCACACACCTATCCACCCTCTCATCT ATCCACCCACCCACCCATCCACCCATATACTCACCATCTCACACACCCAT CCACTCATTAGCCCACCCACCTACCCATCCATCACCTATCTATCCACTCA CCCATTCACCTATCCATCCACCCACCCACCCACCTGCCTATCCACCCACC CGCCTATCCACCCTCCCGCCTATCCACCCTCCCACCTATCCACCCACCCA CCTATCCACCCACCCATCCACCTTCCCACCTATCCACCCACACACCTATC TACCCTCCCATCTATCCACCCACCCATATGCTAACCTTCTTGCACACCCA TCCACTCATGAGCCCACCCACCTACCCATCCGTCACCTATCCATCCACTC ACCCATTCACCTATCCATACACCCACCCACCCACCTATCCACCCACCCAC CTATCCACCCTCCCACTTATCCACCCACCCACCTGCCCACCCACACACCT ATCCACCCTCCCGTCTATCCACCCACCCACCCACCCATACACTCACCCAC TCACACACCCACCCATTAGCCCACCCACCTACCCATCCATCACCTATGCA TCCACTCACCCATTCACCTATCCAACCACCCACCCAACCATCCACCCACC CACTCACTCACTCCCTCCCTGATCTACCTATCCATTCACTCAGTCATTAA CCCACCCACCTATCCACCCACCTACCCACTCACTCATCCACCCATCTGCC CACCCATCCACCCAGCCACCCATTTACTCACCCATTCAATCAATCATCCC CCCATTAACTCACCTACCTACTCACCCATTTATCCATCTATCCATTTACC CACCCACTCATCCACCCATTAATCCACCAGCTCATCCACCTACTGACCCA TCCACCCATTCATCCACCCATCCACCCACTCATCCACTCATCCATCCATC TATCCATCCGTCCACCCATCCATCTCACTCCCATCCACCTACCCATCCTC CT	APCDD1L	ENSG00000198768.11	transcript	ENST00000371149.8	protein_coding		4904		chr20	TogoVar
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CABP5_chr19_48024383_48049079	48043533	C C	CCACCATC others(1129): Show CCACCATCATCATCACCATCATCAACACCATCATCATCACCATCATCACC ACCACCACCACCATAACCACCACCACCACCATCACCACCATCACCACCAT CACCACCACCACCTTCATCATCACCACCATCACCATCACCACCATCACCA CCACCACCACTACCACCACCATCATCACCAGCACCACCATCACCATCACC ACCATCACCACCACCACCACCACCATCACCACCACCACCACCATCACCAC CACCACCATCACCATCACCACCACCATCACCACCACCATCAACACCATTA CCACCACCACCACTACCACCACCATCAATACCACCATCACCACCACCATC ATCATCACCATCACCACCATCATCACCACCACCATCACCACCATCACCAT CACCATCACCACCATCATCATCACCACCATCACCATCACCACCACCACCA TCACCACCATCACCACCAGCACCACCACTATCAACATCATCATCATCACC ACCATCAACACCATCATCACCACCACTGTCATCACCACCACCACCACCAT CACCACCACCATCACCACCATCTCACCATCACCATCACCACCATCATCAC CACCACCATCACCACCACCATCATCACCATCACCACCATCATCATCACCA CCATCACCACCACCATCACCACCACCATCACCATCACCATCACCACCACC ACCATCACCACCAGCACCACCAGCACCACCACCATCAACATCATCATCAT CACCATCACCACCATCATCACCACCACCGTCATCACCACCAGCACCACCA TCACCACCACCATCACCACCATCTCACCATCATCACCATCACCACCATCA TCACCACCACCATCACCACCACCATCACCATCACCATCACCACCATCTCA CCATCACCATCACCACCATCATCACCACCACCATCACCACCACCATCACC ATCACCATCACCACCATCATCATCACCACCATCACCACCACCACCACCAC CATCATCACCATCACCACCAGCACCACCACCAACATCATCATCATCACCA CCACCACCACCATCACCACCACCACCACCATCAACACCACCATCACCACC ACCATCATCATCACCACCACCACCATCACCACCATCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA20129.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0009 a0001c0002t0009	a0001c0002t0009g0228 a0001c0002t0009g0228	1	376	0.0027	1136	c.63+ others(1149): Show c.63+326_63+327insAGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATG ATGGTGGTGGTGATGGTGGTGTTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGT GGTGGTGGTGATGATGATGATGTTGGTGGTGGTGCTGGTGGTGATGGTGA TGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGATGGTGGTGATG GTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGATGGT GATGGTGAGATGGTGGTGATGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGT GGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGATGGTGAGATGGTGGTGATGGTGGT GGTGATGGTGGTGCTGGTGGTGATGACGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGA TGGTGATGATGATGATGTTGATGGTGGTGGTGCTGGTGGTGCTGGTGGTG ATGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGT GATGGTGGTGATGATGATGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGG TGGTGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGAGATGGTGGTGATGGTGG TGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGACAGTGGTGGTGATGATGGTGTTG ATGGTGGTGATGATGATGATGTTGATAGTGGTGGTGCTGGTGGTGATGGT GGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGATGATGGTGGTGA TGGTGATGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGATGGTG ATGATGATGGTGGTGGTGATGGTGGTATTGATGGTGGTGGTAGTGGTGGT GGTGGTAATGGTGTTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGG TGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTG ATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGCTGGTGATGATGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGATGAAGGTGGTGG TGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTTATGGTGGTG GTGGTGGTGATGATGGTGATGATGATGGTGTTGATGATGGTGATGATGAT GGTG	CABP5	ENSG00000105507.3	transcript	ENST00000293255.3	protein_coding	1/5			chr19	TogoVar
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EVC_chr4_5706201_5819305	5706333	G G	GATAGATA others(1129): Show GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATACATACATAGATAGA TAGCTAGATAGATACATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA GATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATACATAGA TAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATA GATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATACATAGATAGATAGATACA TACATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATA GATAGATAGATAGATACATAGATAGATACATACATACATAGATAGATACA TAGACAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATA GATAGATACATAGATAGATAGATACATACACAGATAGATACATAGATACA TAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATA GATAGATAGATACATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATACATACA TACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATACATACATA CATACATACATACATAGATACATACATAGATAGATAGATACATAGATAGA TAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATACATAGATAGATAGATA GATACATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGA TAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAAATACATAGATAGATAGATA GATAGATACATAGATAAATAGATAGAAACATAGATAGATAGATAGATAGA TAGATAGATACATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATA GATAGATAGATAGATAGATACATAAATAGATAGATAGATAGATAGATACA TAGATACATAGATACATAGATAGATAGATACATACATACATAGATAGATA GATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGA TAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATA GATAGATACATAGATAGAGAGATAGATAGATAGATAC	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA18975.hp1 NA18993.hp1 NA18975.hp1 NA18993.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0004 a0002c0005 a0001c0004 a0002c0005	a0001c0004t0043 a0002c0005t0001 a0001c0004t0043 a0002c0005t0001	a0001c0004t0043g0052 a0002c0005t0001g0043 a0001c0004t0043g0052 a0002c0005t0001g0043	2	369	0.0054	1136	c.-50 others(1147): Show c.-5048_-5047insATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGAT ACATACATAGATAGATAGCTAGATAGATACATAGATACATAGATAGATAG ATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACAT AGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAG ATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATACAT AGATAGATAGATACATACATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATAG ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATACATACAT ACATAGATAGATACATAGACAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAG ATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATACACAGAT AGATACATAGATACATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATACATAG ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATACATAGATAGAT AGATACATACATACATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAG ATACATACATACATACATACATACATACATAGATACATACATAGATAGAT AGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAC ATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGAT AGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAAATAC ATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAAATAGATAGAAACATAGAT AGATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATACATAGATAG ATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACATAAATAGATAGAT AGATAGATAGATACATAGATACATAGATACATAGATAGATAGATACATAC ATACATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT AGATAGATACATAGATAGATACATAGATAGATAGATAGATAGATACATAG ATAGATAGATAGATAGATAGATACATAGATAGAGAGATAGATAGATAGAT AC	EVC	ENSG00000072840.13	transcript	ENST00000264956.11	protein_coding		4867		chr4	TogoVar
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