Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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TCF3_chr19_1604292_1657615	1629112	A A	AGGTGGGA others(1143): Show AGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGGTGGGGCAGGAAGGGGACA GCAGAGCTCACAGGGGATGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGG TGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGAC AGCAGAGCTCGCAGGGGGTGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGG GTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGATGAGGCGGGAAGGG GACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGG GGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGGTGAGGCGGGAAGG GGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACG GGGGTGGGGCAGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGATGAGGCGGGAA GGGGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAACTCA CGGGGTGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCGCAGGGGGTGAGGCGGAA AGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGATGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGC TCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGTGGG AAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGGTGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGAA CTCACGGGGATGGGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGGTGAGGC GGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGGCGGGAAGGGGACAGCAGA GCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGGTGGGGC AGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGATGAGGCGGGAAGGGGACAGCA GAGCTCACGGGGTGAGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGTGAGG TGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGGTGAGGCGGGAAGGGGACAGCA GAACTCACGGGGGTGGGGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGGGTGG GGCGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACAGGGGGTGGAGCGGGAAGGGGACA GCAGAGCTCATGGGGATGGGGTGGGAAGGGGACAGCAGAGCTCACGGGTG G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18962.hp1 NA18962.hp1	a0002 a0002	a0002c0001 a0002c0001	a0002c0001t0007 a0002c0001t0007	a0002c0001t0007g0061 a0002c0001t0007g0061	1	352	0.0028	1150	c.299 others(1167): Show c.299-1687_299-1686insCCACCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCC CACCCCATCCCCATGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCTCCACCCCCTGTG AGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCCCACCCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCT TCCCGCCCCACCCCCGTGAGTTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCACCCCCG TGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCC TTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCATCCCCT GTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCTGCCCCACCCCCGTGAGCTCTGCTGTCC CCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCACCCC GTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCACCCCCGTGAGCTCTGCTGTCC CCTTCCCGCCCCATCCCCGTGAGTTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCACCC CCTGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGT CCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCATC CCCTGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTTCCGCCTCACCCCCTGCGAGCTCTGC TGTCCCCTTCCCGCCTCACCCCGTGAGTTCTGCTGTCCCCTTCCCACCTC ACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCATCCCCTGTGAGCTCTG CTGTCCCCTTCCTGCCCCACCCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCACC TCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCACCCCCTGTGAGCTC TGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCAC CTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCGCCTCATCCCCTGTGAGCT CTGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCG CCTCACCCCCTGCGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGC TCTGCTGTCCCCTTCCCACCTCACCCCGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCC GCCTCATCCCCTGTGAGCTCTGCTGTCCCCTTCCTGCCCCACCCCCGTGA GCTCTGCTGTCCCCTTCCCACC	TCF3	ENSG00000071564.19	transcript	ENST00000262965.12	protein_coding	5/18			chr19	TogoVar
TUBB2B_chr6_3219277_3232653	3222288	T T	TCACCATC others(1143): Show TCACCATCATCACCACCACCACCACTACCACTACCACCATCATAATTACC ACCACCATCACCACCACCACCACCACTATCACCATCATCACCACCACCAC CACCACCACTAGCACAACCACAACACTACCACATCACCACCACCACTACC ACTACTACCATCACCATCACCACCACCATCACCACCACCACCACAATACT ACCACATCACCACCACGATCACCATCATCACCACCACCACCACCACTAGC ACAACCACAACACTACCACATCACCACCACCACTACCACCACCACCACCA TCACTACTACCATCACCACCACCACCACCATCACCACCACCACGACCACC ACAACACTACCACATCACCACCACCACCATCATCATCACCACCACTACCA CCACCACTACCACCACCACCACCATCACTACTACCATCACCACCACCACC ACCATCACCACCACCACGACCACCACAACACTACCACATCACCACCACCA CCATCACCACTGCCACCACCACTACCACCACCACCACTACCACCATCGCC ACCATCACCACCACATCACCACCACCACCACACTACCACCACCACCACCA TCACCACTACTACCATCACCACTACCACCACCACCACCATCACCACCACC ATCACCACCACCACTACCACTACCACCATCACAATCACCACCACCATCAC CACCACCACTACCACCACCACCACTACCACCATCGCCACCATCACCACCA CATCACCACCACCACCACACTACCACCACCACCACCATCACCACTACTAC CATCACCACTACTACCACCACCACCATCACAATCACCACTATCACCATCA TCACCATCACTACCACCACCACCATCACCATCATCGCCACCACCACCAAC ACTACTGCCACCACCACTATTACCATCACCACCACTACTACCACCACCAC TACCATAACCACCATCATCACCATCACCATCATTACTGCTATTATGACCA CCATCACTACCACCATTATCACCACCACCACTAAACTACCACCACTACCT CACTGCCATCATCACCATCACCATTACTAACATCACCATTACTAACATCA CCATTATAATACTACCACCATCACTACCACCACCACCACCACCACCATCA C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00609.hp2 HG00609.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0002	1	360	0.0028	1150	c.24 others(1161): Show c.2462_*2463insGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGATGG TGGTAGTATTATAATGGTGATGTTAGTAATGGTGATGTTAGTAATGGTGA TGGTGATGATGGCAGTGAGGTAGTGGTGGTAGTTTAGTGGTGGTGGTGAT AATGGTGGTAGTGATGGTGGTCATAATAGCAGTAATGATGGTGATGGTGA TGATGGTGGTTATGGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGATGGTAATA GTGGTGGTGGCAGTAGTGTTGGTGGTGGTGGCGATGATGGTGATGGTGGT GGTGGTAGTGATGGTGATGATGGTGATAGTGGTGATTGTGATGGTGGTGG TGGTAGTAGTGGTGATGGTAGTAGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTAGTG TGGTGGTGGTGGTGATGTGGTGGTGATGGTGGCGATGGTGGTAGTGGTGG TGGTGGTAGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATTGTGATGGTGGTAGTG GTAGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GATGGTAGTAGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTAGTGTGGTGGTGGTGGT GATGTGGTGGTGATGGTGGCGATGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGCAGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGTGGTAGTGTTGTGGTGGTC GTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTAGTAGTGATGGTGGT GGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGATGATGATGGTGGTGGTGG TGATGTGGTAGTGTTGTGGTGGTCGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGT GGTGATGGTAGTAGTGATGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGATGT GGTAGTGTTGTGGTTGTGCTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATGGTGAT CGTGGTGGTGATGTGGTAGTATTGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTG ATGGTGATGGTAGTAGTGGTAGTGGTGGTGGTGATGTGGTAGTGTTGTGG TTGTGCTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATGGTGATAGTGGTGGTG GTGGTGGTGATGGTGGTGGTAATTATGATGGTGGTAGTGGTAGTGGTGGT GGTGGTGATGATGGTG	TUBB2B	ENSG00000137285.11	transcript	ENST00000259818.8	protein_coding		1988		chr6	TogoVar
WDR25_chr14_100371485_100535303	100526932	A A	ATCACCAC others(1143): Show ATCACCACCACCACCACCATTATCACCAGGACCAGCACCATCAGCATCAC TATCTCTATACCCACCACCACCACCACTGTCATCATTGTCACTACTACCA CTCCTGTCATCACCACCACCACCACCACCATTATCACCAGGACCAGCACC ATCACCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACTACTGTCATCATTGT CACTACCACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCATTATCACCAGGA CCAGCACCATCAGCATCACTACCACCACCAGTGTCATCATTGTCACTACT ACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCACCATTATCACCAGGACCAG CACCATCAGCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACCACTGTCATCA TTGTCACTACTACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCACCATTATC ACCAGGACCAGCACCATCACCATCACTATCTCTATACCCACCACCACTAC TACTGTCATCATTGTCACTACCACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCA CCATTATCACCAGGACCAGCACCATCAGCATCACTACCACCACCAGTGTC ATCACCGCCACCACCACCAGTACCACCATCAGCATCACTATCTCTATACC CACCACCTCCACTGTCATCATTGTCACTACCACCACTACTGTCATCATCA CCATTATCACCAGCACCAGCACCATCAGCATCACTATCTCTATACCCACC ACCACCACCATCACCGGCACCACCGCCATTATCACCAGCACCACTGCCAT CAGCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACAGTCATCATTGTCACTA CTACCACTCCTGTCATCACCAGCACCACCGCCATTATCACCAGCACCACC GCCATTATCACCAGCACCACTGCCATCAGCATCACCATCACCATCTTTGT ACTCATCACCATCGTCACCACCGCGCCACCACCATCACTGCCACCACTAT TATCACTAGCACTACCACCATCAGCATCAGCATCACCATCTGTATACTCA CCACCATTACCATCATCGTCATCACTGCCACCACCATCACCACTGTCCTC TTTATCTCCAGCACCACCATCATCGTCACTGTCACCATACCACTCTCATC T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02965.hp1 HG03453.hp2 HG06807.hp2 HG02965.hp1 HG03453.hp2 HG06807.hp2	a0003 a0003	a0003c0004 a0003c0004	a0003c0004t0001 a0003c0004t0001	a0003c0004t0001g0006 a0003c0004t0001g0145 a0003c0004t0001g0146 a0003c0004t0001g0006 a0003c0004t0001g0145 a0003c0004t0001g0146	3	228	0.0132	1150	c.127 others(1167): Show c.1272+902_1272+903insCACCACCATTATCACCAGGACCAGCACC ATCAGCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACCACTGTCATCATTGT CACTACTACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCACCATTATCACCA GGACCAGCACCATCACCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACTACT GTCATCATTGTCACTACCACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCAT TATCACCAGGACCAGCACCATCAGCATCACTACCACCACCAGTGTCATCA TTGTCACTACTACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCACCACCATTATC ACCAGGACCAGCACCATCAGCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCAC CACTGTCATCATTGTCACTACTACCACTCCTGTCATCACCACCACCACCA CCACCATTATCACCAGGACCAGCACCATCACCATCACTATCTCTATACCC ACCACCACTACTACTGTCATCATTGTCACTACCACCACTCCTGTCATCAC CACCACCACCACCATTATCACCAGGACCAGCACCATCAGCATCACTACCA CCACCAGTGTCATCACCGCCACCACCACCAGTACCACCATCAGCATCACT ATCTCTATACCCACCACCTCCACTGTCATCATTGTCACTACCACCACTAC TGTCATCATCACCATTATCACCAGCACCAGCACCATCAGCATCACTATCT CTATACCCACCACCACCACCATCACCGGCACCACCGCCATTATCACCAGC ACCACTGCCATCAGCATCACTATCTCTATACCCACCACCACCACAGTCAT CATTGTCACTACTACCACTCCTGTCATCACCAGCACCACCGCCATTATCA CCAGCACCACCGCCATTATCACCAGCACCACTGCCATCAGCATCACCATC ACCATCTTTGTACTCATCACCATCGTCACCACCGCGCCACCACCATCACT GCCACCACTATTATCACTAGCACTACCACCATCAGCATCAGCATCACCAT CTGTATACTCACCACCATTACCATCATCGTCATCACTGCCACCACCATCA CCACTGTCCTCTTTATCTCCAGCACCACCATCATCGTCACTGTCACCATA CCACTCTCATCTTCACCACCAC	WDR25	ENSG00000176473.14	transcript	ENST00000402312.8	protein_coding	5/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
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