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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ASAP2_chr2_9201812_9410678	9400231	C C	CCCTCCCC others(1043): Show CCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCT GCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCC CCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCT CCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCC TCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCT GCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCC CCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCC TCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGC CCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCT CCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCTC CCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCT CCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCC TGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGC CCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCC TCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTG CCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCC CCCTCCCCTCCTGCCCACCTTCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCC TGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGTACCCCTC CCCCCTCCCCTCCTGTACCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTGCCCCC CTCCCCTCCTGCCCCCTCCCTTCCTACCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCC CTCCTCCCCTCATGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCCTCCCC T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp2 HG01261.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0003 a0001c0002t0003	a0001c0002t0003g0026 a0001c0002t0003g0026	1	210	0.0048	1050	c.273 others(1067): Show c.2734+174_2734+175insTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCC CCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTC CTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGC CCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCC TTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCC CCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCT CCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTG CCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCC TCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCC TGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTGC CCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCC TCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTG CCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCC TCCTGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCT GCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCC CTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCTTCCCCTCCTGCCCTC CTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCACCTTCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTG CCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGTA CCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGTACCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCT GCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCTTCCTACCCCCTCCCCTCCTGCCC CCTCCCCTCCTCCCCTCATGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCC CTCCCCTCCTCCCCTCCTGCCC	ASAP2	ENSG00000151693.11	transcript	ENST00000281419.8	protein_coding	25/27		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ASAP2_chr2_9201812_9410678	9400231	C C	CCCTCCCC others(1043): Show CCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCT GCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCC CCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTC CCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCT CCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTG CCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCC CCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCT CCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGC CCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCC TCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCT CCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCC TCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTC CTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTG CCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCC CTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCT GCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTGCC CCCCTCCCCTCCTGCCCACCTTCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTC CTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGTACCCCT CCCCCCTCCCCTCCTGTACCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTGCCCC CCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCTTCCTACCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCC CCTCCTCCCCTCATGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCCTCCCC T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02258.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0003 a0001c0002t0003	a0001c0002t0003g0150 a0001c0002t0003g0150	1	210	0.0048	1050	c.273 others(1067): Show c.2734+174_2734+175insTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCC CCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTC CTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGC CCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCT TCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCC CTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTC CTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGC CCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCC TCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTC CTGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCTGCCCTCCTG CCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTC CTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTTCCCCTCCT GCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCC CTCCTGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCC TGCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCC CCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCTTCCCCTCCTGCCCT CCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCACCTTCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCT GCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCTCCTGCCCCCCTCCCCTCCTGT ACCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGTACCCCTCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCC TGCCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCTCCCTTCCTACCCCCTCCCCTCCTGCC CCCTCCCCTCCTCCCCTCATGCCCTCCTGCCCCCTCCCCTCCTGCCCCCC CTCCCCTCCTCCCCTCCTGCCC	ASAP2	ENSG00000151693.11	transcript	ENST00000281419.8	protein_coding	25/27		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ASMTL_chrX_1398139_1457909	1410178	G G	GTACTCCC others(1043): Show GTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCGCAG GAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATGATGGCAACACTGCAGTCCAGCCAAA TGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAG CCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATGATGACAACACTGCACTCCAG CCAAATGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGC TTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATGATGACAACACTGCAC TCCAGCCAAATGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGG ATCGCTTGAGCGCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATGATGGCAACAC TGCACTCCAGCCAAATGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCA GGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATGATGAC AACACTGCAGTCCAGCCAAATGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGAGGCTG AGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAACTATG ATGGCAACACTGCACTCCAGCCAAATGCTGGTACTCCCAAATACTCGGGA GGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAA CTATGATGACAACACTGCAGTCCAGCCAAATGCTGCTACTCCCAAATACT CGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCA GTGAACTATGATGGCAACACTGCACTCCAGCCAAATGCTGGTACTCCCAA ATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGG CTGCAGTGAACTATGATGGCAACACTGCACTCCAGCCAAATGCTGGTACT CCCAAATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGT CAAGGCTGCAGTGAACTATGATGACAACACTGCAGTCCAGCCAAATGCTG C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18906.hp2 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0011 a0001c0011	a0001c0011t0001 a0001c0011t0001	a0001c0011t0001g0178 a0001c0011t0001g0178	1	185	0.0054	1050	c.164 others(1069): Show c.1645+2553_1645+2554insGCAGCATTTGGCTGGACTGCAGTGTT GTCATCATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCC TGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTACCAGCATTTGGCTGGAGTGCA GTGTTGCCATCATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAAGCGAT CCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTACCAGCATTTGGCTGGA GTGCAGTGTTGCCATCATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAA GCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTAGCAGCATTTGG CTGGACTGCAGTGTTGTCATCATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGG CTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTACCAGCA TTTGGCTGGAGTGCAGTGTTGCCATCATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTC CTGGGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTAC CAGCATTTGGCTGGACTGCAGTGTTGTCATCATAGTTCACTGCAGCCTTG ACCTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTATTTGGG AGTACCAGCATTTGGCTGGAGTGCAGTGTTGCCATCATAGTTCACTGCAG CCTTGACCTCCTGCGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAT TTGGGAGTACCAGCATTTGGCTGGAGTGCAGTGTTGTCATCATAGTTCAC TGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCG AGTATTTGGGAGTACCAGCATTTGGCTGGAGTGCAGTGTTGTCATCATAG TTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCC TCCCGAGTATTTGGGAGTACCAGCATTTGGCTGGACTGCAGTGTTGCCAT CATAGTTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGCGCTCAAGCGATCCTCCTGCCT CAGCCTCCCGAGTATTTGGGAGTA	ASMTL	ENSG00000169093.16	transcript	ENST00000381317.9	protein_coding	12/12			chrX	TogoVar
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