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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADK_chr10_74146221_74714290	74597624	G G	GAT GAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 others(11): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03098.hp2 HG03239.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 others(11): Show a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0194 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0080 a0001c0002t0001g0127 a0001c0002t0001g0128 a0001c0002t0004g0101	14	200	0.0700	2	c.763 others(19): Show c.763-2755_763-2754insAT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	8/10			chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74601939	G G	GAA GAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 others(5): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 NA18522.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0064 others(5): Show a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0190	8	200	0.0400	2	c.877 others(19): Show c.877+1459_877+1460dupAA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74602105	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp1 others(31): Show HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG02004.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02273.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03486.hp2 NA18941.hp1 NA18944.hp1 NA18975.hp2 NA19011.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 others(31): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0002t0001g0127	34	200	0.1700	2	c.877 others(19): Show c.877+1635_877+1636dupAA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74619012	T T	TTG TTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 others(19): Show HG00280.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01255.hp2 HG01981.hp2 HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02970.hp1 HG03098.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03834.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18943.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp1 NA19002.hp2 NA19063.hp2 NA19240.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0038 others(19): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0002g0041 a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0074 a0001c0001t0002g0094 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0020	22	200	0.1100	2	c.877 others(21): Show c.877+18565_877+18566dupGT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74631233	C C	CGT CGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18944.hp2 NA19082.hp2 NA18944.hp2 NA19082.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0158	2	200	0.0100	2	c.877 others(21): Show c.877+30755_877+30756dupGT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74660729	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00735.hp2 HG01074.hp2 others(27): Show HG00558.hp2 HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01496.hp1 HG02056.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02717.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG03041.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03831.hp1 HG04199.hp1 NA18975.hp2 NA19002.hp1 NA19011.hp2 NA19043.hp1 NA19082.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0037 others(27): Show a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0006g0168 a0001c0002t0001g0127 a0001c0002t0001g0128	30	200	0.1500	2	c.878 others(19): Show c.878-9435_878-9434dupAA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74663248	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01168.hp2 HG01943.hp1 NA18961.hp2 others(2): Show HG01168.hp2 HG01943.hp1 NA18961.hp2 NA19002.hp1 NA19077.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0161 others(2): Show a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0006g0168	5	200	0.0250	2	c.878 others(19): Show c.878-6916_878-6915dupAT	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ADK_chr10_74146221_74714290	74665736	T T	TGA TGA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02622.hp2 HG02717.hp1 others(9): Show HG02451.hp2 HG02622.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03942.hp1 NA18946.hp1 NA19063.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 others(9): Show a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0002g0059	12	200	0.0600	2	c.878 others(19): Show c.878-4402_878-4401dupGA	ADK	ENSG00000156110.15	transcript	ENST00000539909.6	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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