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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AFF2_chrX_148495617_149005663	148564468	G G	GAA GAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01928.hp1 HG01928.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0090 a0001c0001t0090	a0001c0001t0090g0099 a0001c0001t0090g0099	1	169	0.0059	2	c.47+ others(19): Show c.47+63340_47+63341dupAA	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	1/20	INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148565909	C C	CAT CAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18983.hp1 NA18983.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0122 a0001c0001t0122	a0001c0001t0122g0092 a0001c0001t0122g0092	1	169	0.0059	2	c.47+ others(19): Show c.47+64779_47+64780dupTA	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	1/20	INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148572047	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02056.hp1 HG02451.hp2 HG02886.hp1 others(7): Show HG02056.hp1 HG02451.hp2 HG02886.hp1 HG03098.hp1 NA18962.hp1 NA18967.hp1 NA19004.hp1 NA19009.hp1 NA19070.hp1 NA19085.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 others(6): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0027 a0001c0001t0042 a0001c0001t0066 a0001c0001t0098 a0001c0001t0120 a0001c0002t0082	a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0003g0066 a0001c0001t0012g0168 others(7): Show a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0003g0066 a0001c0001t0012g0168 a0001c0001t0015g0060 a0001c0001t0027g0017 a0001c0001t0042g0012 a0001c0001t0066g0015 a0001c0001t0098g0119 a0001c0001t0120g0035 a0001c0002t0082g0016	10	169	0.0592	2	c.47+ others(19): Show c.47+70914_47+70915dupAA	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	1/20	INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148573676	C C	CAT CAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00639.hp1 HG00738.hp1 others(32): Show HG00280.hp1 HG00639.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01243.hp1 HG01358.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005	a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 others(27): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0038 a0001c0001t0044 a0001c0001t0066 a0001c0001t0076 a0001c0001t0098 a0001c0001t0099 a0001c0001t0117 a0001c0002t0009 a0001c0002t0018 a0001c0002t0019 a0001c0002t0020 a0001c0002t0034 a0001c0002t0054 a0001c0002t0078 a0001c0002t0082 a0001c0002t0087 a0001c0002t0094 a0001c0002t0101 a0001c0003t0026 a0001c0003t0030 a0001c0003t0079 a0001c0003t0112 a0001c0004t0075 a0001c0004t0113 a0001c0005t0023	a0001c0001t0006g0138 a0001c0001t0006g0144 a0001c0001t0006g0163 others(32): Show a0001c0001t0006g0138 a0001c0001t0006g0144 a0001c0001t0006g0163 a0001c0001t0010g0115 a0001c0001t0010g0116 a0001c0001t0011g0128 a0001c0001t0016g0154 a0001c0001t0016g0155 a0001c0001t0017g0145 a0001c0001t0038g0102 a0001c0001t0044g0127 a0001c0001t0066g0015 a0001c0001t0076g0153 a0001c0001t0098g0119 a0001c0001t0099g0141 a0001c0001t0117g0164 a0001c0002t0009g0126 a0001c0002t0018g0151 a0001c0002t0018g0156 a0001c0002t0019g0123 a0001c0002t0020g0132 a0001c0002t0034g0077 a0001c0002t0054g0133 a0001c0002t0078g0152 a0001c0002t0082g0016 a0001c0002t0087g0147 a0001c0002t0094g0106 a0001c0002t0101g0160 a0001c0003t0026g0157 a0001c0003t0030g0158 a0001c0003t0079g0161 a0001c0003t0112g0130 a0001c0004t0075g0004 a0001c0004t0113g0159 a0001c0005t0023g0125	35	169	0.2071	2	c.47+ others(19): Show c.47+72532_47+72533insAT	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	1/20		chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148574943	G G	GGT GGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02055.hp1 HG02257.hp1 HG02486.hp1 others(6): Show HG02055.hp1 HG02257.hp1 HG02486.hp1 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG03225.hp1 NA19079.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0020 others(6): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0020 a0001c0001t0035 a0001c0001t0037 a0001c0001t0093 a0001c0002t0019 a0001c0002t0040 a0001c0002t0107	a0001c0001t0008g0051 a0001c0001t0011g0112 a0001c0001t0020g0109 others(6): Show a0001c0001t0008g0051 a0001c0001t0011g0112 a0001c0001t0020g0109 a0001c0001t0035g0078 a0001c0001t0037g0037 a0001c0001t0093g0007 a0001c0002t0019g0107 a0001c0002t0040g0111 a0001c0002t0107g0131	9	169	0.0533	2	c.47+ others(19): Show c.47+73841_47+73842dupTG	AFF2	ENSG00000155966.14	transcript	ENST00000370460.7	protein_coding	1/20	INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
AFF2_chrX_148495617_149005663	148576793	A A	ATG ATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 others(119): Show HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01167.hp1 HG01192.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG03942.hp1 HG04204.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp1 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