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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AFF4_chr5_132870395_132968634	132955793	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 others(5): Show HG02451.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02970.hp2 NA18945.hp1 NA18955.hp1 NA18978.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0013	a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0295 others(4): Show a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0295 a0001c0001t0002g0301 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0199 a0001c0001t0013g0382	8	392	0.0204	2	c.-5+ others(17): Show c.-5+7465_-5+7466insAT	AFF4	ENSG00000072364.13	transcript	ENST00000265343.10	protein_coding	1/20			chr5	TogoVar
AFF4_chr5_132870395_132968634	132955795	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG01943.hp2 others(30): Show HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG01943.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02132.hp1 HG02280.hp2 HG03195.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp2 NA18946.hp2 NA18947.hp2 NA18954.hp1 NA18959.hp1 NA18965.hp1 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA18979.hp1 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA19007.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19056.hp2 NA19063.hp2 NA19078.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007 others(1): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0014	a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 others(4): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 a0001c0001t0030 a0001c0005t0006 a0001c0007t0028 a0001c0014t0002	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0267 others(29): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0267 a0001c0001t0002g0269 a0001c0001t0002g0270 a0001c0001t0002g0274 a0001c0001t0002g0276 a0001c0001t0002g0277 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0002g0285 a0001c0001t0002g0286 a0001c0001t0002g0287 a0001c0001t0002g0289 a0001c0001t0002g0290 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0292 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0294 a0001c0001t0002g0298 a0001c0001t0002g0302 a0001c0001t0002g0327 a0001c0001t0007g0182 a0001c0001t0013g0384 a0001c0001t0030g0288 a0001c0005t0006g0322 a0001c0007t0028g0300 a0001c0014t0002g0297	33	392	0.0842	2	c.-5+ others(17): Show c.-5+7462_-5+7463dupAT	AFF4	ENSG00000072364.13	transcript	ENST00000265343.10	protein_coding	1/20			chr5	TogoVar
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