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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGBL2_chr11_47654591_47720369	47678335	A A	ATT ATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00438.hp1 HG00673.hp2 others(29): Show HG00408.hp1 HG00438.hp1 HG00673.hp2 HG01169.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG02004.hp1 HG02055.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02523.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp1 NA18944.hp1 NA18956.hp1 NA18967.hp1 NA18979.hp2 NA18982.hp1 NA18985.hp2 NA18988.hp1 NA18993.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp2 NA19055.hp2 NA19056.hp2 NA19062.hp2 NA19088.hp1 NA20129.hp1 NA20805.hp1	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0032 a0002c0002t0002g0067 others(29): Show a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0032 a0002c0002t0002g0067 a0002c0002t0002g0071 a0002c0002t0002g0072 a0002c0002t0002g0073 a0002c0002t0002g0074 a0002c0002t0002g0075 a0002c0002t0002g0079 a0002c0002t0002g0080 a0002c0002t0002g0081 a0002c0002t0002g0082 a0002c0002t0002g0083 a0002c0002t0002g0084 a0002c0002t0002g0085 a0002c0002t0002g0091 a0002c0002t0002g0093 a0002c0002t0002g0094 a0002c0002t0002g0097 a0002c0002t0002g0098 a0002c0002t0002g0099 a0002c0002t0002g0100 a0002c0002t0002g0101 a0002c0002t0002g0102 a0002c0002t0002g0104 a0002c0002t0002g0107 a0002c0002t0002g0110 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0115 a0002c0002t0002g0118 a0002c0002t0002g0119 a0002c0002t0002g0355	32	356	0.0899	2	c.201 others(19): Show c.2017-936_2017-935dupAA	AGBL2	ENSG00000165923.17	transcript	ENST00000525123.6	protein_coding	13/18			chr11	TogoVar
AGBL2_chr11_47654591_47720369	47679058	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01261.hp2 HG02145.hp2 others(17): Show HG01243.hp1 HG01261.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02818.hp1 HG02970.hp1 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03704.hp2 NA18522.hp2 NA18953.hp2 NA18964.hp2 NA19004.hp2	a0001 a0007 a0013 a0001 a0007 a0013	a0001c0001 a0007c0007 a0013c0011 a0001c0001 a0007c0007 a0013c0011	a0001c0001t0001 a0007c0007t0001 a0013c0011t0001 a0001c0001t0001 a0007c0007t0001 a0013c0011t0001	a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0139 others(17): Show a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0309 a0001c0001t0001g0310 a0001c0001t0001g0312 a0001c0001t0001g0317 a0001c0001t0001g0325 a0001c0001t0001g0333 a0001c0001t0001g0338 a0007c0007t0001g0124 a0007c0007t0001g0125 a0013c0011t0001g0210	20	356	0.0562	2	c.201 others(19): Show c.2016+913_2016+914dupTT	AGBL2	ENSG00000165923.17	transcript	ENST00000525123.6	protein_coding	13/18			chr11	TogoVar
AGBL2_chr11_47654591_47720369	47686447	G G	GTT GTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01081.hp2 HG01243.hp2 others(7): Show HG00642.hp1 HG01081.hp2 HG01243.hp2 HG01496.hp2 HG02004.hp2 HG02145.hp1 HG02738.hp1 NA18956.hp1 NA18967.hp1 NA18989.hp1	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0031 a0002c0002t0002g0032 others(7): Show a0002c0002t0002g0029 a0002c0002t0002g0031 a0002c0002t0002g0032 a0002c0002t0002g0033 a0002c0002t0002g0038 a0002c0002t0002g0042 a0002c0002t0002g0049 a0002c0002t0002g0053 a0002c0002t0002g0058 a0002c0002t0002g0235	10	356	0.0281	2	c.163 others(19): Show c.1632-400_1632-399dupAA	AGBL2	ENSG00000165923.17	transcript	ENST00000525123.6	protein_coding	10/18			chr11	TogoVar
AGBL2_chr11_47654591_47720369	47691099	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 others(141): Show HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG02004.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 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