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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGO3_chr1_35926105_36077500	36038252	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 others(20): Show HG00642.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp2 HG02055.hp1 HG02080.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp2 HG02717.hp1 HG02897.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 NA18906.hp1 NA19000.hp1 NA19006.hp2 NA19043.hp2 NA19066.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(10): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0026 a0001c0001t0072 a0001c0001t0075 a0001c0002t0008 a0001c0004t0011	a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0004g0244 a0001c0001t0006g0184 others(20): Show a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0004g0244 a0001c0001t0006g0184 a0001c0001t0009g0087 a0001c0001t0011g0032 a0001c0001t0011g0044 a0001c0001t0011g0047 a0001c0001t0011g0048 a0001c0001t0012g0031 a0001c0001t0012g0053 a0001c0001t0012g0054 a0001c0001t0012g0059 a0001c0001t0012g0060 a0001c0001t0013g0147 a0001c0001t0015g0046 a0001c0001t0015g0050 a0001c0001t0015g0051 a0001c0001t0026g0045 a0001c0001t0026g0049 a0001c0001t0072g0099 a0001c0001t0075g0097 a0001c0002t0008g0104 a0001c0004t0011g0052	23	258	0.0892	2	c.184 others(21): Show c.1843-1519_1843-1518dupTT	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	14/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36041235	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp2 HG02486.hp2 HG02630.hp2 others(7): Show HG01071.hp2 HG02486.hp2 HG02630.hp2 HG03098.hp1 HG03516.hp2 NA18941.hp2 NA18944.hp2 NA18977.hp2 NA19009.hp2 NA19062.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0017 a0001c0001t0041 a0001c0001t0070	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0095 others(7): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0003g0115 a0001c0001t0017g0168 a0001c0001t0041g0230 a0001c0001t0070g0164	10	258	0.0388	2	c.217 others(19): Show c.2172+817_2172+818dupTT	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	16/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36046623	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00673.hp2 HG01175.hp2 HG01934.hp1 others(14): Show HG00673.hp2 HG01175.hp2 HG01934.hp1 HG02486.hp1 HG02602.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 NA18945.hp1 NA18969.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0014 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0033 a0001c0001t0052 a0001c0001t0054 a0001c0001t0063	a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0003g0069 others(14): Show a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0070 a0001c0001t0003g0072 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0247 a0001c0001t0014g0057 a0001c0001t0017g0080 a0001c0001t0017g0159 a0001c0001t0017g0168 a0001c0001t0033g0120 a0001c0001t0052g0128 a0001c0001t0054g0256 a0001c0001t0063g0068	17	258	0.0659	2	c.227 others(21): Show c.2274+3106_2274+3107dupAA	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	17/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36053745	A A	ATT ATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01123.hp2 HG01261.hp1 HG01891.hp1 others(12): Show HG01123.hp2 HG01261.hp1 HG01891.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02132.hp2 HG02630.hp2 HG02922.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG06807.hp2 NA18944.hp1 NA19000.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0001c0001t0023 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0001c0001t0023 a0001c0001t0027 a0001c0001t0034 a0001c0001t0075 a0001c0002t0008	a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0132 others(12): Show a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0009g0087 a0001c0001t0023g0082 a0001c0001t0027g0036 a0001c0001t0034g0043 a0001c0001t0075g0097 a0001c0002t0008g0103 a0001c0002t0008g0104 a0001c0002t0008g0173 a0001c0002t0008g0174 a0001c0002t0008g0175	15	258	0.0581	2	c.227 others(21): Show c.2275-1178_2275-1177dupTT	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	17/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36053774	C C	CAG CAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02129.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 others(3): Show HG02129.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03471.hp1 HG06807.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0006	a0001c0003t0020 a0001c0003t0031 a0001c0003t0032 others(2): Show a0001c0003t0020 a0001c0003t0031 a0001c0003t0032 a0001c0005t0030 a0001c0006t0029	a0001c0003t0020g0129 a0001c0003t0020g0250 a0001c0003t0031g0249 others(3): Show a0001c0003t0020g0129 a0001c0003t0020g0250 a0001c0003t0031g0249 a0001c0003t0032g0165 a0001c0005t0030g0011 a0001c0006t0029g0013	6	258	0.0233	2	c.227 others(21): Show c.2275-1171_2275-1170dupAG	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	17/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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