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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161260655	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp1 others(21): Show HG00741.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp1 HG01175.hp1 HG01516.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02572.hp1 HG02717.hp1 HG02738.hp1 HG02818.hp1 HG03098.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03710.hp2 NA18947.hp2 NA18951.hp2 NA18956.hp2 NA18957.hp1 NA19007.hp2 NA19010.hp2 NA19065.hp1 NA19088.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0025 a0001c0001t0042 a0001c0001t0052 a0001c0001t0054 a0001c0002t0004 a0001c0002t0073 a0001c0003t0005 a0001c0003t0032	a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0253 others(21): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0005g0179 a0001c0001t0006g0037 a0001c0001t0006g0038 a0001c0001t0006g0061 a0001c0001t0010g0251 a0001c0001t0011g0022 a0001c0001t0011g0023 a0001c0001t0011g0041 a0001c0001t0012g0035 a0001c0001t0025g0016 a0001c0001t0042g0161 a0001c0001t0052g0131 a0001c0001t0054g0252 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0060 a0001c0002t0004g0062 a0001c0002t0073g0059 a0001c0003t0005g0164 a0001c0003t0032g0250	24	264	0.0909	2	c.-90 others(21): Show c.-90+13281_-90+13282dupTT	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	1/8			chr6	TogoVar
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