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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AHCTF1_chr1_246834098_246936948	246892301	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01175.hp1 HG01261.hp1 others(4): Show HG00735.hp1 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG02080.hp1 HG02559.hp2 NA19005.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0013 a0001c0001 a0002c0002 a0002c0013	a0001c0001t0003 a0002c0002t0001 a0002c0013t0001 a0001c0001t0003 a0002c0002t0001 a0002c0013t0001	a0001c0001t0003g0030 a0002c0002t0001g0082 a0002c0002t0001g0089 others(4): Show a0001c0001t0003g0030 a0002c0002t0001g0082 a0002c0002t0001g0089 a0002c0002t0001g0095 a0002c0002t0001g0254 a0002c0013t0001g0073 a0002c0013t0001g0123	7	376	0.0186	2	c.180 others(19): Show c.1805-384_1805-383dupAA	AHCTF1	ENSG00000153207.16	transcript	ENST00000648844.2	protein_coding	14/35			chr1	TogoVar
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