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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AJAP1_chr1_4649609_4797534	4750032	T T	TTG TTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00639.hp2 others(35): Show HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG01081.hp1 HG01123.hp2 HG01243.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG02004.hp2 HG02148.hp1 HG02300.hp1 HG02486.hp2 HG02683.hp1 HG02723.hp1 HG02897.hp1 HG03041.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03710.hp2 HG04115.hp2 HG04184.hp2 HG04228.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0003c0009 a0006c0021	a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 others(22): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 a0001c0001t0088 a0001c0001t0095 a0001c0001t0113 a0001c0001t0154 a0001c0001t0164 a0001c0001t0173 a0001c0001t0190 a0001c0001t0191 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0021 a0001c0002t0032 a0001c0002t0077 a0001c0002t0093 a0001c0002t0125 a0001c0002t0155 a0001c0002t0189 a0002c0003t0045 a0002c0003t0050 a0002c0003t0072 a0003c0009t0126 a0006c0021t0005	a0001c0001t0004g0001 a0001c0001t0004g0059 a0001c0001t0007g0244 others(34): Show a0001c0001t0004g0001 a0001c0001t0004g0059 a0001c0001t0007g0244 a0001c0001t0013g0135 a0001c0001t0013g0169 a0001c0001t0013g0195 a0001c0001t0013g0296 a0001c0001t0088g0198 a0001c0001t0095g0168 a0001c0001t0113g0310 a0001c0001t0154g0045 a0001c0001t0164g0032 a0001c0001t0173g0066 a0001c0001t0190g0319 a0001c0001t0191g0278 a0001c0002t0004g0001 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0036 a0001c0002t0004g0038 a0001c0002t0004g0039 a0001c0002t0004g0043 a0001c0002t0005g0305 a0001c0002t0005g0314 a0001c0002t0021g0055 a0001c0002t0021g0063 a0001c0002t0032g0316 a0001c0002t0077g0324 a0001c0002t0093g0257 a0001c0002t0125g0118 a0001c0002t0155g0033 a0001c0002t0189g0253 a0002c0003t0045g0179 a0002c0003t0050g0040 a0002c0003t0050g0041 a0002c0003t0072g0188 a0003c0009t0126g0241 a0006c0021t0005g0148	38	334	0.1138	2	c.830 others(21): Show c.830-19805_830-19804dupGT	AJAP1	ENSG00000196581.11	transcript	ENST00000378191.5	protein_coding	2/5		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
AJAP1_chr1_4649609_4797534	4760244	T T	TGA TGA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(194): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 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