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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AKT3_chr1_243494724_243855243	243701665	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00423.hp1 others(91): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00673.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02717.hp2 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02922.hp1 HG03017.hp2 HG03195.hp2 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp2 HG03688.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp1 NA18747.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18957.hp1 NA18970.hp2 NA18974.hp1 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19011.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19064.hp2 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19080.hp1 NA19088.hp2 NA19090.hp1 NA19240.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0001t0028 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0050	a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 others(91): Show a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0261 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0003g0276 a0001c0001t0004g0019 a0001c0001t0004g0020 a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0022 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 a0001c0001t0005g0285 a0001c0001t0005g0288 a0001c0001t0005g0289 a0001c0001t0005g0290 a0001c0001t0005g0291 a0001c0001t0005g0292 a0001c0001t0005g0294 a0001c0001t0005g0295 a0001c0001t0005g0296 a0001c0001t0005g0297 a0001c0001t0005g0299 a0001c0001t0007g0267 a0001c0001t0007g0271 a0001c0001t0009g0001 a0001c0001t0009g0002 a0001c0001t0009g0003 a0001c0001t0009g0004 a0001c0001t0011g0235 a0001c0001t0011g0236 a0001c0001t0019g0268 a0001c0001t0019g0269 a0001c0001t0021g0287 a0001c0001t0028g0037 a0001c0001t0036g0029 a0001c0001t0038g0241 a0001c0001t0039g0270 a0001c0001t0050g0298	94	301	0.3123	2	c.47- others(17): Show c.47-5951_47-5950dupTT	AKT3	ENSG00000117020.19	transcript	ENST00000673466.1	protein_coding	2/13			chr1	TogoVar
AKT3_chr1_243494724_243855243	243703760	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp2 HG01496.hp2 HG02258.hp1 others(9): Show HG01261.hp2 HG01496.hp2 HG02258.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02647.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp1 NA20805.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0012 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0012 a0001c0001t0020 a0001c0001t0029 a0001c0001t0047	a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0003g0035 others(9): Show a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0003g0035 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0003g0057 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0012g0008 a0001c0001t0020g0286 a0001c0001t0020g0293 a0001c0001t0029g0151 a0001c0001t0047g0139	12	301	0.0399	2	c.47- others(17): Show c.47-8046_47-8045dupTT	AKT3	ENSG00000117020.19	transcript	ENST00000673466.1	protein_coding	2/13			chr1	TogoVar
AKT3_chr1_243494724_243855243	243713746	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00735.hp1 HG01175.hp1 others(23): Show HG00140.hp1 HG00735.hp1 HG01175.hp1 HG01361.hp1 HG01978.hp2 HG02273.hp2 HG03098.hp2 HG03490.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG04115.hp2 HG04184.hp2 HG04228.hp1 NA18947.hp1 NA18955.hp1 NA18957.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp2 NA19030.hp1 NA19058.hp1 NA19070.hp1 NA19088.hp2 NA19090.hp1 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0015 a0001c0001t0035	a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 others(23): Show a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0017 a0001c0001t0004g0024 a0001c0001t0009g0003 a0001c0001t0015g0027 a0001c0001t0035g0087	26	301	0.0864	2	c.47- others(19): Show c.47-18032_47-18031dupTT	AKT3	ENSG00000117020.19	transcript	ENST00000673466.1	protein_coding	2/13			chr1	TogoVar
AKT3_chr1_243494724_243855243	243720429	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01109.hp1 HG02280.hp2 others(5): Show HG00735.hp1 HG01109.hp1 HG02280.hp2 HG03453.hp2 NA18747.hp1 NA19043.hp1 NA19060.hp2 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0030 a0001c0001t0046	a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0004g0016 others(5): Show a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0011g0096 a0001c0001t0014g0025 a0001c0001t0014g0026 a0001c0001t0030g0152 a0001c0001t0046g0278	8	301	0.0266	2	c.47- others(19): Show c.47-24715_47-24714dupTT	AKT3	ENSG00000117020.19	transcript	ENST00000673466.1	protein_coding	2/13			chr1	TogoVar
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