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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ALDH1A3_chr15_100874831_100921626	100892683	C C	CTA CTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG01346.hp2 HG01516.hp2 others(5): Show HG00639.hp2 HG01346.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0113 others(3): Show a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0220	8	414	0.0193	2	c.475 others(15): Show c.475+48_475+49dupAT	ALDH1A3	ENSG00000184254.17	transcript	ENST00000329841.10	protein_coding	4/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ALDH1A3_chr15_100874831_100921626	100895578	T T	TCA TCA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp1 HG02257.hp1 NA18965.hp2 others(11): Show HG01106.hp1 HG02257.hp1 NA18965.hp2 NA18978.hp2 NA18983.hp1 NA18990.hp2 NA19000.hp1 NA19002.hp2 NA19012.hp1 NA19070.hp1 NA19072.hp2 NA19077.hp1 NA19082.hp1 NA19086.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0018 a0001c0001t0023 others(1): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0018 a0001c0001t0023 a0001c0001t0026	a0001c0001t0006g0008 a0001c0001t0006g0119 a0001c0001t0006g0120 others(7): Show a0001c0001t0006g0008 a0001c0001t0006g0119 a0001c0001t0006g0120 a0001c0001t0006g0121 a0001c0001t0006g0122 a0001c0001t0006g0123 a0001c0001t0006g0125 a0001c0001t0018g0057 a0001c0001t0023g0124 a0001c0001t0026g0008	14	414	0.0338	2	c.667 others(17): Show c.667-341_667-340dupAC	ALDH1A3	ENSG00000184254.17	transcript	ENST00000329841.10	protein_coding	6/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
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