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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ALDH6A1_chr14_74051847_74089453	74067997	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp1 others(145): Show HG00099.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01981.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 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