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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AMMECR1L_chr2_127856630_127890956	127880773	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00639.hp1 others(44): Show HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00639.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01074.hp2 HG01169.hp2 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG02055.hp2 HG02135.hp1 HG02300.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03130.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03579.hp2 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18612.hp1 NA18947.hp2 NA18956.hp2 NA18965.hp2 NA18968.hp2 NA18972.hp1 NA18980.hp1 NA18997.hp1 NA19005.hp2 NA19067.hp1 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0021 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0051 others(29): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0101 a0001c0001t0003g0164 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0005g0150 a0001c0001t0005g0153 a0001c0001t0005g0157 a0001c0001t0005g0158 a0001c0001t0005g0159 a0001c0001t0005g0163 a0001c0001t0005g0176 a0001c0001t0005g0187 a0001c0001t0007g0149 a0001c0001t0008g0088 a0001c0001t0008g0089 a0001c0001t0008g0090 a0001c0001t0021g0177 a0001c0001t0024g0155 a0001c0001t0025g0156 a0001c0001t0026g0154	47	334	0.1407	2	c.-39 others(19): Show c.-39+3428_-39+3429dupGT	AMMECR1L	ENSG00000144233.12	transcript	ENST00000272647.10	protein_coding	2/7			chr2	TogoVar
AMMECR1L_chr2_127856630_127890956	127890184	C C	CAA CAA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp1 others(53): Show HG00323.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01109.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01496.hp2 HG01884.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03927.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp2 NA18942.hp1 NA18973.hp1 NA18980.hp2 NA18997.hp2 NA19000.hp1 NA19011.hp2 NA19043.hp2 NA19059.hp2 NA19077.hp2 NA19083.hp2 NA20129.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0016 a0001c0001t0023 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0016 others(40): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0112 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0028 a0001c0001t0003g0047 a0001c0001t0003g0048 a0001c0001t0003g0096 a0001c0001t0003g0097 a0001c0001t0003g0102 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0004g0008 a0001c0001t0004g0015 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0005g0046 a0001c0001t0005g0158 a0001c0001t0005g0163 a0001c0001t0006g0152 a0001c0001t0006g0161 a0001c0001t0007g0038 a0001c0001t0007g0148 a0001c0001t0016g0098 a0001c0001t0023g0145 a0001c0001t0025g0156 a0001c0001t0026g0154 a0001c0001t0027g0160 a0001c0001t0028g0095 a0001c0001t0029g0108 a0001c0001t0030g0094 a0002c0002t0002g0113	56	334	0.1677	2	c.-45 others(13): Show c.-4524_-4523insTT	AMMECR1L	ENSG00000144233.12	transcript	ENST00000272647.10	protein_coding		4229		chr2	TogoVar
AMMECR1_chrX_110189186_110323085	110209872	G G	GAC GAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02647.hp1 HG03209.hp1 HG02647.hp1 HG03209.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0123	2	155	0.0129	2	c.699 others(19): Show c.699+6644_699+6645dupGT	AMMECR1	ENSG00000101935.13	transcript	ENST00000262844.10	protein_coding	3/5			chrX	TogoVar
AMMECR1_chrX_110189186_110323085	110217502	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG01243.hp1 HG02559.hp2 others(16): Show HG01099.hp1 HG01243.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02717.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03471.hp1 HG03942.hp1 HG06807.hp1 NA18906.hp2 NA18977.hp1 NA19009.hp1 NA19030.hp2 NA19091.hp1 NA20805.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 others(15): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0004g0018 a0001c0001t0011g0017	19	155	0.1226	2	c.585 others(17): Show c.585-872_585-871dupGT	AMMECR1	ENSG00000101935.13	transcript	ENST00000262844.10	protein_coding	2/5			chrX	TogoVar
AMMECR1_chrX_110189186_110323085	110232889	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18970.hp1 NA18970.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0045	1	155	0.0065	2	c.585 others(21): Show c.585-16259_585-16258dupTT	AMMECR1	ENSG00000101935.13	transcript	ENST00000262844.10	protein_coding	2/5			chrX	TogoVar
AMMECR1_chrX_110189186_110323085	110247691	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01243.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0011	a0001c0001t0011g0017 a0001c0001t0011g0017	1	155	0.0065	2	c.584 others(21): Show c.584+16796_584+16797dupTT	AMMECR1	ENSG00000101935.13	transcript	ENST00000262844.10	protein_coding	2/5			chrX	TogoVar
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AMMECR1_chrX_110189186_110323085	110269527	T T	TGG TGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19006.hp1 NA19079.hp1 NA19006.hp1 NA19079.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0049	2	155	0.0129	2	c.474 others(19): Show c.474-4930_474-4929dupCC	AMMECR1	ENSG00000101935.13	transcript	ENST00000262844.10	protein_coding	1/5			chrX	TogoVar
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