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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AMOT_chrX_112769877_112845831	112845478	C C	CCA CCA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG02602.hp2 HG02698.hp1 others(2): Show HG00280.hp1 HG02602.hp2 HG02698.hp1 HG03927.hp1 HG03927.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0024 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0024 a0001c0002t0002 a0001c0002t0031	a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0003g0199 a0001c0001t0024g0231 others(2): Show a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0003g0199 a0001c0001t0024g0231 a0001c0002t0002g0190 a0001c0002t0031g0210	5	270	0.0185	2	c.-53 others(13): Show c.-5316_-5315insTG	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding		4648		chrX	TogoVar
AMPD1_chr1_114668098_114700546	114668520	A A	AAC AAC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(154): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01358.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02055.hp2 HG02129.hp2 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp1 NA18906.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18947.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18967.hp1 NA18969.hp2 NA18978.hp1 NA18984.hp1 NA18986.hp2 NA18988.hp2 NA18989.hp2 NA18992.hp1 NA19001.hp2 NA19003.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19007.hp2 NA19009.hp2 NA19011.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19055.hp2 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19068.hp2 NA19078.hp2 NA19080.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0005 a0006 others(3): Show a0001 a0005 a0006 a0010 a0011 a0012	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0001c0019 a0005c0008 a0006c0010 a0010c0018 a0011c0015 a0012c0012	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0009t0001 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0009t0001 a0001c0019t0001 a0005c0008t0001 a0006c0010t0001 a0010c0018t0001 a0011c0015t0001 a0012c0012t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 others(83): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0158 a0001c0002t0001g0159 a0001c0009t0001g0113 a0001c0009t0001g0125 a0001c0019t0001g0132 a0005c0008t0001g0046 a0006c0010t0001g0025 a0010c0018t0001g0136 a0011c0015t0001g0149 a0012c0012t0001g0146	157	358	0.4386	2	c.45 others(13): Show c.4592_*4593dupGT	AMPD1	ENSG00000116748.22	transcript	ENST00000520113.7	protein_coding		4577		chr1	TogoVar
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