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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	chr	external
ANGEL2_chr1_212987182_213020867	213004865	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG04204.hp2 NA18940.hp2 NA19005.hp1 others(4): Show HG04204.hp2 NA18940.hp2 NA19005.hp1 NA19006.hp1 NA19030.hp1 NA19063.hp2 NA19087.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0009 a0001c0001 a0005c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0005c0009t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0005c0009t0001	a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 others(3): Show a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0004g0126 a0005c0009t0001g0224	7	392	0.0179	2	c.113 others(19): Show c.1134+166_1134+167dupTT	ANGEL2	ENSG00000174606.14	transcript	ENST00000366962.8	protein_coding	5/8		chr1	TogoVar
ANGEL2_chr1_212987182_213020867	213010571	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 others(22): Show HG00408.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01952.hp2 HG02004.hp1 HG02083.hp1 HG03098.hp2 HG03669.hp2 HG04199.hp1 NA18747.hp1 NA18941.hp2 NA18947.hp2 NA18952.hp1 NA18960.hp1 NA18970.hp1 NA18995.hp1 NA18998.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19012.hp1 NA19058.hp1 NA19080.hp1 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0015 a0001c0001t0004 a0001c0001t0015	a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0035 a0001c0001t0004g0132 others(20): Show a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0035 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0137 a0001c0001t0004g0138 a0001c0001t0004g0139 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0142 a0001c0001t0004g0143 a0001c0001t0004g0144 a0001c0001t0004g0145 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0151 a0001c0001t0004g0220 a0001c0001t0015g0133	25	392	0.0638	2	c.386 others(19): Show c.386-2107_386-2106dupTT	ANGEL2	ENSG00000174606.14	transcript	ENST00000366962.8	protein_coding	2/8		chr1	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107247289	T T	TTG TTG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG02080.hp2 others(3): Show HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG02080.hp2 HG02135.hp2 HG02155.hp1 NA19063.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0101 a0001c0001t0008g0104 others(3): Show a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0101 a0001c0001t0008g0104 a0001c0001t0008g0144 a0001c0001t0008g0236 a0001c0001t0008g0275	6	292	0.0206	2	c.45 others(13): Show c.4565_*4566insCA	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding		2192	chr8	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107250433	G G	GTA GTA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 others(6): Show HG01243.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp2 HG02965.hp1 HG03195.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0067 a0001c0001t0005g0096 a0001c0001t0005g0098 others(6): Show a0001c0001t0005g0067 a0001c0001t0005g0096 a0001c0001t0005g0098 a0001c0001t0005g0224 a0001c0001t0005g0225 a0001c0001t0005g0226 a0001c0001t0005g0249 a0001c0001t0005g0253 a0001c0001t0005g0266	9	292	0.0308	2	c.14 others(13): Show c.1420_*1421dupTA	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding	9/9	1421	chr8	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107257870	G G	GTT GTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01169.hp2 others(19): Show HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01169.hp2 HG01255.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG02258.hp1 HG02647.hp1 HG02976.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03831.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18906.hp2 NA18951.hp1 NA20805.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0004 a0001c0001 a0004c0004	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 others(1): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0004c0004t0003	a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0127 others(19): Show a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0154 a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0003g0156 a0001c0001t0003g0161 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0240 a0001c0001t0003g0264 a0001c0001t0003g0287 a0001c0001t0004g0066 a0001c0001t0004g0152 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0199 a0001c0001t0004g0214 a0001c0001t0004g0252 a0001c0001t0004g0262 a0001c0001t0004g0286 a0001c0001t0012g0103 a0004c0004t0003g0050	22	292	0.0753	2	c.133 others(21): Show c.1337-5857_1337-5856dupAA	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding	8/8		chr8	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107257876	G G	GTT GTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(60): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02015.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02293.hp1 HG02683.hp1 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02970.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03490.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03942.hp2 HG04115.hp2 HG04228.hp1 NA18940.hp1 NA18944.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp1 NA18968.hp1 NA18977.hp2 NA18981.hp2 NA18982.hp1 NA18982.hp2 NA18984.hp2 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA18987.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19043.hp2 NA19056.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp2 NA19091.hp2 NA20129.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 others(5): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0015 a0001c0001t0019 a0001c0001t0027 a0001c0005t0002	a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0018 others(60): Show a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0064 a0001c0001t0002g0082 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0100 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0122 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0202 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0241 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0002g0271 a0001c0001t0006g0071 a0001c0001t0007g0217 a0001c0001t0010g0007 a0001c0001t0010g0187 a0001c0001t0015g0145 a0001c0001t0015g0204 a0001c0001t0019g0131 a0001c0001t0027g0227 a0001c0005t0002g0113	63	292	0.2158	2	c.133 others(21): Show c.1337-5863_1337-5862dupAA	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding	8/8		chr8	TogoVar
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