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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ANKRD12_chr18_9131781_9290985	9259220	T T	TCC TCC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 others(2): Show HG01884.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02809.hp1 HG03139.hp1	a0006 a0006	a0006c0005 a0006c0005	a0006c0005t0015 a0006c0005t0040 a0006c0005t0015 a0006c0005t0040	a0006c0005t0015g0006 a0006c0005t0015g0007 a0006c0005t0015g0008 others(2): Show a0006c0005t0015g0006 a0006c0005t0015g0007 a0006c0005t0015g0008 a0006c0005t0015g0009 a0006c0005t0040g0166	5	318	0.0157	2	c.566 others(19): Show c.5664+290_5664+291insCC	ANKRD12	ENSG00000101745.17	transcript	ENST00000262126.9	protein_coding	9/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
ANKRD12_chr18_9131781_9290985	9262786	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01106.hp1 others(37): Show HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp1 HG01243.hp2 HG01361.hp2 HG01516.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG02004.hp1 HG02135.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02630.hp1 HG02738.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 NA18612.hp2 NA18939.hp1 NA18955.hp1 NA18957.hp2 NA18968.hp2 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18990.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18999.hp1 NA19058.hp1 NA19065.hp1 NA19081.hp1 NA19083.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0005 a0013 a0001 a0005 a0013	a0001c0001 a0005c0006 a0013c0020 a0001c0001 a0005c0006 a0013c0020	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(12): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0020 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0046 a0001c0001t0050 a0005c0006t0007 a0013c0020t0003	a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0201 others(37): Show a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0002g0202 a0001c0001t0002g0205 a0001c0001t0002g0261 a0001c0001t0002g0268 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0193 a0001c0001t0003g0233 a0001c0001t0003g0242 a0001c0001t0003g0249 a0001c0001t0003g0259 a0001c0001t0003g0279 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0034 a0001c0001t0005g0035 a0001c0001t0005g0200 a0001c0001t0005g0217 a0001c0001t0005g0219 a0001c0001t0005g0220 a0001c0001t0005g0225 a0001c0001t0005g0231 a0001c0001t0005g0262 a0001c0001t0007g0189 a0001c0001t0007g0240 a0001c0001t0010g0238 a0001c0001t0011g0237 a0001c0001t0012g0192 a0001c0001t0012g0196 a0001c0001t0020g0182 a0001c0001t0027g0065 a0001c0001t0029g0269 a0001c0001t0030g0243 a0001c0001t0046g0190 a0001c0001t0050g0221 a0005c0006t0007g0176 a0005c0006t0007g0270 a0013c0020t0003g0265	40	318	0.1258	2	c.566 others(21): Show c.5665-1004_5665-1003insTT	ANKRD12	ENSG00000101745.17	transcript	ENST00000262126.9	protein_coding	9/12			chr18	TogoVar
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