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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	chr	external
ANKRD44_chr2_196981662_197315780	197153225	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 others(13): Show HG01109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02630.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG06807.hp1 NA18953.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008	a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 others(6): Show a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0006 a0001c0002t0007 a0001c0002t0010 a0001c0008t0019	a0001c0001t0005g0084 a0001c0001t0005g0085 a0001c0002t0001g0064 others(13): Show a0001c0001t0005g0084 a0001c0001t0005g0085 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0080 a0001c0002t0002g0061 a0001c0002t0002g0063 a0001c0002t0002g0077 a0001c0002t0003g0072 a0001c0002t0004g0090 a0001c0002t0006g0042 a0001c0002t0006g0071 a0001c0002t0006g0073 a0001c0002t0006g0079 a0001c0002t0007g0104 a0001c0002t0010g0086 a0001c0008t0019g0053	16	114	0.1404	2	c.112 others(19): Show c.112-6122_112-6121dupTT	ANKRD44	ENSG00000065413.20	transcript	ENST00000282272.15	protein_coding	2/27		chr2	TogoVar
ANKRD44_chr2_196981662_197315780	197157675	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01361.hp1 HG02258.hp1 HG03471.hp2 others(1): Show HG01361.hp1 HG02258.hp1 HG03471.hp2 HG06807.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0016 a0001c0002t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0016 a0001c0002t0003 a0001c0006t0012	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0016g0065 a0001c0002t0003g0066 others(1): Show a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0016g0065 a0001c0002t0003g0066 a0001c0006t0012g0113	4	114	0.0351	2	c.112 others(21): Show c.112-10572_112-10571dupTT	ANKRD44	ENSG00000065413.20	transcript	ENST00000282272.15	protein_coding	2/27		chr2	TogoVar
ANKRD44_chr2_196981662_197315780	197158984	A A	AAC AAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 others(61): Show HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01109.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02976.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp1 NA18953.hp2 NA18994.hp2 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0007 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0009 a0001c0004t0002 a0001c0004t0005 a0001c0005t0005 a0001c0006t0012 a0001c0007t0005 a0002c0003t0002	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 others(61): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0002g0082 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0041 a0001c0001t0003g0048 a0001c0001t0003g0100 a0001c0001t0004g0056 a0001c0001t0005g0047 a0001c0001t0005g0084 a0001c0001t0005g0085 a0001c0001t0008g0029 a0001c0001t0008g0105 a0001c0001t0009g0019 a0001c0001t0010g0092 a0001c0001t0017g0034 a0001c0002t0001g0026 a0001c0002t0001g0094 a0001c0002t0001g0096 a0001c0002t0001g0103 a0001c0002t0001g0114 a0001c0002t0002g0006 a0001c0002t0002g0022 a0001c0002t0002g0078 a0001c0002t0003g0032 a0001c0002t0003g0066 a0001c0002t0003g0072 a0001c0002t0003g0093 a0001c0002t0003g0102 a0001c0002t0009g0111 a0001c0004t0002g0016 a0001c0004t0005g0020 a0001c0004t0005g0021 a0001c0004t0005g0036 a0001c0005t0005g0015 a0001c0006t0012g0113 a0001c0007t0005g0099 a0002c0003t0002g0009	64	114	0.5614	2	c.112 others(21): Show c.112-11881_112-11880dupGT	ANKRD44	ENSG00000065413.20	transcript	ENST00000282272.15	protein_coding	2/27		chr2	TogoVar
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