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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89156771	T T	TTG TTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG02922.hp1 NA20129.hp1 HG01109.hp1 HG02922.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0007 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0009	a0001c0007t0007 a0001c0008t0001 a0001c0009t0012 a0001c0007t0007 a0001c0008t0001 a0001c0009t0012	a0001c0007t0007g0225 a0001c0008t0001g0228 a0001c0009t0012g0027 a0001c0007t0007g0225 a0001c0008t0001g0228 a0001c0009t0012g0027	3	234	0.0128	2	c.538 others(19): Show c.538+1239_538+1240dupGT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	5/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89181228	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 others(15): Show HG01243.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02738.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp2 HG03471.hp2 HG03579.hp1 HG03927.hp1 NA18906.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0007 a0001c0009	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0016 others(7): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0039 a0001c0001t0040 a0001c0002t0007 a0001c0004t0012 a0001c0007t0007 a0001c0009t0012	a0001c0001t0003g0051 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0008g0011 others(15): Show a0001c0001t0003g0051 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0008g0232 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0016g0147 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0039g0009 a0001c0001t0040g0010 a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0040 a0001c0004t0012g0001 a0001c0004t0012g0226 a0001c0007t0007g0225 a0001c0009t0012g0027	18	234	0.0769	2	c.723 others(19): Show c.723-4175_723-4174dupAA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89183382	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG02735.hp2 HG02922.hp1 others(7): Show HG00741.hp1 HG02735.hp2 HG02922.hp1 HG03195.hp1 NA18522.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp2 NA19005.hp2 NA19089.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0029 a0001c0009t0012 a0001c0001t0001 a0001c0001t0029 a0001c0009t0012	a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 others(7): Show a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0029g0122 a0001c0009t0012g0027	10	234	0.0427	2	c.723 others(19): Show c.723-2041_723-2040insTA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89183384	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01361.hp1 HG02293.hp1 HG02602.hp2 others(5): Show HG01361.hp1 HG02293.hp1 HG02602.hp2 HG03831.hp2 HG03927.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp2 NA18978.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0025 a0001c0001t0043 a0001c0001t0001 a0001c0001t0025 a0001c0001t0043	a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0087 others(5): Show a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0025g0199 a0001c0001t0043g0137	8	234	0.0342	2	c.723 others(19): Show c.723-2009_723-2008dupAT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205128	T T	TTC TTC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG01891.hp1 others(8): Show HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG02027.hp1 HG02129.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 NA18984.hp2 NA19065.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0014 a0001c0001t0020	a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0134 others(8): Show a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0002g0200 a0001c0001t0005g0126 a0001c0001t0005g0127 a0001c0001t0005g0201 a0001c0001t0009g0180 a0001c0001t0014g0159 a0001c0001t0020g0058	11	234	0.0470	2	c.97 others(13): Show c.9705_*9706insTC	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		2774		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205331	C C	CTT CTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01361.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp2 others(7): Show HG01361.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02451.hp2 HG02738.hp1 HG02895.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(3): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0016	a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0004g0092 others(7): Show a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0008g0232 a0001c0001t0009g0081 a0001c0001t0009g0144 a0001c0001t0016g0147	10	234	0.0427	2	c.99 others(13): Show c.9908_*9909insTT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		2977		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89206003	A A	AGG AGG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG01099.hp2 others(6): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG01099.hp2 HG01167.hp1 HG04204.hp1 NA18961.hp1 NA18963.hp1 NA18965.hp1 NA18981.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0014 a0001c0001t0034 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0014 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035	a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0119 others(6): Show a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0133 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0014g0059 a0001c0001t0034g0143 a0001c0001t0035g0136	9	234	0.0385	2	c.10 others(15): Show c.10580_*10581insGG	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		3649		chr15	TogoVar
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