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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABI1_chr10_26741596_26865958	26761659	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03130.hp1 HG03579.hp1 NA19007.hp1 HG03130.hp1 HG03579.hp1 NA19007.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0006g0351 a0001c0001t0006g0353 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0006g0351 a0001c0001t0006g0353	3	358	0.0084	2	c.821 others(19): Show c.821-2422_821-2421insGT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	7/10			chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26761661	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00673.hp2 HG02257.hp1 HG04204.hp2 others(6): Show HG00673.hp2 HG02257.hp1 HG04204.hp2 NA18942.hp2 NA18960.hp1 NA19000.hp1 NA19004.hp2 NA19058.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0120 others(6): Show a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0004g0082	9	358	0.0251	2	c.821 others(19): Show c.821-2425_821-2424dupGT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	7/10			chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26788912	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01109.hp1 HG01243.hp2 others(28): Show HG00642.hp2 HG01109.hp1 HG01243.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG02027.hp1 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02165.hp1 HG02559.hp1 HG02976.hp1 HG03209.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03540.hp2 NA18946.hp1 NA18954.hp1 NA18956.hp1 NA18957.hp2 NA18969.hp1 NA18971.hp1 NA18978.hp1 NA18981.hp2 NA18984.hp2 NA18993.hp1 NA19010.hp2 NA19084.hp1 NA20805.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012	a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0162 others(28): Show a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0357 a0001c0001t0003g0328 a0001c0001t0003g0333 a0001c0001t0003g0334 a0001c0001t0003g0335 a0001c0001t0003g0338 a0001c0001t0003g0339 a0001c0001t0003g0341 a0001c0001t0003g0345 a0001c0001t0003g0346 a0001c0001t0005g0319 a0001c0001t0005g0320 a0001c0001t0005g0322 a0001c0001t0005g0323 a0001c0001t0005g0324 a0001c0001t0005g0325 a0001c0001t0005g0326 a0001c0001t0005g0327 a0001c0001t0005g0330 a0001c0001t0005g0331 a0001c0001t0005g0332 a0001c0001t0009g0336 a0001c0001t0009g0337 a0001c0001t0012g0344	31	358	0.0866	2	c.286 others(21): Show c.286-11673_286-11672dupTT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	2/10			chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26791068	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG01123.hp1 HG01346.hp1 others(29): Show HG00408.hp1 HG01123.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01981.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02165.hp1 HG03209.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp1 NA18946.hp1 NA18949.hp1 NA18954.hp1 NA18956.hp1 NA18957.hp2 NA18963.hp1 NA18969.hp1 NA18971.hp1 NA18978.hp1 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18993.hp1 NA18997.hp1 NA19007.hp2 NA19083.hp1 NA19084.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012	a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 others(29): Show a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0003g0281 a0001c0001t0003g0282 a0001c0001t0003g0283 a0001c0001t0003g0321 a0001c0001t0003g0328 a0001c0001t0003g0329 a0001c0001t0003g0333 a0001c0001t0003g0334 a0001c0001t0003g0335 a0001c0001t0003g0338 a0001c0001t0003g0339 a0001c0001t0003g0341 a0001c0001t0005g0319 a0001c0001t0005g0322 a0001c0001t0005g0323 a0001c0001t0005g0324 a0001c0001t0005g0325 a0001c0001t0005g0326 a0001c0001t0005g0330 a0001c0001t0005g0331 a0001c0001t0005g0332 a0001c0001t0005g0342 a0001c0001t0005g0343 a0001c0001t0005g0354 a0001c0001t0009g0336 a0001c0001t0009g0337 a0001c0001t0012g0344	32	358	0.0894	2	c.286 others(21): Show c.286-13829_286-13828dupTT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	2/10			chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26795141	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01069.hp2 HG01081.hp2 others(24): Show HG00642.hp1 HG01069.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01981.hp1 HG02257.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02723.hp1 HG02738.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG03041.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp2 HG04184.hp2 NA18999.hp2 NA19030.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0014	a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0142 others(24): Show a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0004g0075 a0001c0001t0004g0079 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0004g0081 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0084 a0001c0001t0004g0087 a0001c0001t0004g0088 a0001c0001t0004g0090 a0001c0001t0004g0091 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0004g0094 a0001c0001t0004g0095 a0001c0001t0004g0096 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0098 a0001c0001t0004g0100 a0001c0001t0004g0237 a0001c0001t0007g0076 a0001c0001t0007g0083 a0001c0001t0007g0089 a0001c0001t0007g0101 a0001c0001t0014g0099	27	358	0.0754	2	c.286 others(21): Show c.286-17902_286-17901dupTT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	2/10			chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26814716	C C	CTA CTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(234): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02165.hp1 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