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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABL2_chr1_179094330_179234677	179130726	T T	TTG TTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00544.hp1 others(37): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp2 HG01256.hp1 HG01346.hp1 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02738.hp1 HG02897.hp1 HG03130.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03579.hp1 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 NA18747.hp1 NA18939.hp2 NA18946.hp1 NA18949.hp2 NA18952.hp2 NA18962.hp1 NA18966.hp1 NA18967.hp2 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18998.hp1 NA19058.hp1 NA19087.hp1 NA19087.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0008 a0001 a0008	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0008c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0001c0001t0025 a0001c0001t0036 a0001c0001t0042 a0001c0001t0059 a0001c0001t0086 a0001c0001t0112 a0001c0002t0017 a0001c0004t0024 a0001c0004t0111 a0008c0012t0005	a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0193 others(37): Show a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0242 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0246 a0001c0001t0004g0085 a0001c0001t0004g0110 a0001c0001t0006g0075 a0001c0001t0006g0084 a0001c0001t0007g0126 a0001c0001t0007g0128 a0001c0001t0007g0136 a0001c0001t0011g0322 a0001c0001t0018g0064 a0001c0001t0025g0032 a0001c0001t0025g0043 a0001c0001t0025g0060 a0001c0001t0036g0229 a0001c0001t0042g0249 a0001c0001t0059g0030 a0001c0001t0086g0192 a0001c0001t0112g0348 a0001c0002t0017g0269 a0001c0004t0024g0023 a0001c0004t0024g0024 a0001c0004t0024g0025 a0001c0004t0111g0347 a0008c0012t0005g0323	40	350	0.1143	2	c.391 others(17): Show c.391+583_391+584dupCA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	3/11		chr1	TogoVar
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ABL2_chr1_179094330_179234677	179136916	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp2 others(121): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02622.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp1 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