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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114622247	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02630.hp2 HG02922.hp2 HG03041.hp1 others(3): Show HG02630.hp2 HG02922.hp2 HG03041.hp1 HG03471.hp1 HG03927.hp2 HG04199.hp1	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0001c0024 a0006c0013 a0001c0001 a0001c0024 a0006c0013	a0001c0001t0093 a0001c0001t0116 a0001c0001t0123 others(3): Show a0001c0001t0093 a0001c0001t0116 a0001c0001t0123 a0001c0001t0157 a0001c0024t0159 a0006c0013t0114	a0001c0001t0093g0146 a0001c0001t0116g0114 a0001c0001t0123g0165 others(3): Show a0001c0001t0093g0146 a0001c0001t0116g0114 a0001c0001t0123g0165 a0001c0001t0157g0115 a0001c0024t0159g0147 a0006c0013t0114g0002	6	256	0.0234	2	c.245 others(21): Show c.245-20288_245-20287dupAA	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22			chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114638622	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01433.hp1 others(9): Show HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01433.hp1 HG01981.hp1 HG02055.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02647.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG03209.hp1 HG03540.hp1	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0021 a0007c0018	a0001c0001t0004 a0001c0001t0111 a0001c0001t0144 others(9): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0111 a0001c0001t0144 a0001c0002t0074 a0001c0002t0077 a0001c0002t0103 a0001c0002t0112 a0001c0003t0007 a0001c0003t0032 a0001c0004t0019 a0001c0021t0106 a0007c0018t0021	a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0111g0150 a0001c0001t0144g0021 others(9): Show a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0111g0150 a0001c0001t0144g0021 a0001c0002t0074g0013 a0001c0002t0077g0018 a0001c0002t0103g0215 a0001c0002t0112g0015 a0001c0003t0007g0216 a0001c0003t0032g0217 a0001c0004t0019g0016 a0001c0021t0106g0149 a0007c0018t0021g0020	12	256	0.0469	2	c.244 others(21): Show c.244+19333_244+19334dupGT	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22			chr10	TogoVar
ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114641083	C C	CTG CTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 others(8): Show HG01109.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 NA18522.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0002 a0010 a0001 a0002 a0010	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0022 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0022 a0002c0005 a0002c0009 a0010c0014	a0001c0001t0027 a0001c0002t0020 a0001c0002t0033 others(8): Show a0001c0001t0027 a0001c0002t0020 a0001c0002t0033 a0001c0002t0034 a0001c0002t0037 a0001c0002t0099 a0001c0002t0110 a0001c0022t0160 a0002c0005t0092 a0002c0009t0090 a0010c0014t0084	a0001c0001t0027g0158 a0001c0002t0020g0154 a0001c0002t0033g0012 others(8): Show a0001c0001t0027g0158 a0001c0002t0020g0154 a0001c0002t0033g0012 a0001c0002t0034g0160 a0001c0002t0037g0009 a0001c0002t0099g0155 a0001c0002t0110g0157 a0001c0022t0160g0152 a0002c0005t0092g0156 a0002c0009t0090g0010 a0010c0014t0084g0148	11	256	0.0430	2	c.244 others(21): Show c.244+16872_244+16873dupCA	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	1/22			chr10	TogoVar
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