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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139041481	C C	CTA CTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00597.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 others(71): Show HG00597.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG01109.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01975.hp1 HG02004.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp2 HG02165.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02698.hp1 HG02735.hp1 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03195.hp1 HG03239.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp1 NA18939.hp2 NA18942.hp2 NA18949.hp2 NA18951.hp2 NA18954.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp2 NA18967.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18972.hp1 NA18975.hp2 NA18978.hp2 NA18982.hp1 NA18985.hp1 NA18989.hp1 NA18992.hp1 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA19003.hp2 NA19012.hp1 NA19054.hp1 NA19058.hp1 NA19063.hp2 NA19065.hp2 NA19067.hp1 NA19074.hp1 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19080.hp2 NA19083.hp1 NA19085.hp1 NA19088.hp1 NA19090.hp1 NA20300.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0017 others(38): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0210 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0040 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0003g0255 a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0015 a0001c0001t0004g0073 a0001c0001t0004g0200 a0001c0001t0004g0202 a0001c0001t0004g0209 a0001c0001t0004g0211 a0001c0001t0004g0213 a0001c0001t0004g0216	74	448	0.1652	2	c.62- others(17): Show c.62-1226_62-1225dupAT	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr6	TogoVar
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139041513	G G	GTA GTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02155.hp2 NA18978.hp1 NA18983.hp2 others(1): Show HG02155.hp2 NA18978.hp1 NA18983.hp2 NA19062.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0171 others(1): Show a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0262	4	448	0.0089	2	c.62- others(17): Show c.62-1188_62-1187dupAT	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr6	TogoVar
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139041529	A A	ATT ATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01943.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG01943.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0002g0056	3	448	0.0067	2	c.62- others(17): Show c.62-1189_62-1188insTT	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr6	TogoVar
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139041531	A A	ATT ATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02040.hp1 others(15): Show HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02040.hp1 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp1 HG02922.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 NA18941.hp1 NA18971.hp1 NA18985.hp2 NA19002.hp1 NA19005.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 others(10): Show a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0201	18	448	0.0402	2	c.62- others(17): Show c.62-1180_62-1179dupTT	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding	2/2		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr6	TogoVar
ABRACL_chr6_139023745_139048302	139043719	C C	CAA CAA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01358.hp1 HG02723.hp1 HG03669.hp2 others(4): Show HG01358.hp1 HG02723.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp2 HG04115.hp1 NA18949.hp1 NA19090.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0003g0141 others(3): Show a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0004g0209 a0001c0001t0004g0216	7	448	0.0156	2	c.81 others(11): Show c.816_*817insAA	ABRACL	ENSG00000146386.8	transcript	ENST00000367660.4	protein_coding		418		chr6	TogoVar
ABRAXAS1_chr4_83454517_83490100	83460163	C C	CTT CTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02451.hp2 others(9): Show HG01243.hp2 HG02055.hp2 HG02451.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG03486.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0010 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0080 others(4): Show a0001c0001t0004g0010 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0004g0081 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0004g0084	12	356	0.0337	2	c.23 others(13): Show c.2304_*2305dupAA	ABRAXAS1	ENSG00000163322.14	transcript	ENST00000321945.12	protein_coding	9/9	2305		chr4	TogoVar
ABRAXAS1_chr4_83454517_83490100	83465299	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00597.hp1 HG01106.hp1 HG02165.hp1 others(13): Show HG00597.hp1 HG01106.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 NA18612.hp1 NA18612.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18966.hp2 NA18991.hp1 NA18991.hp2 NA19000.hp1 NA19055.hp1 NA19062.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0002 a0002c0002t0001 a0001c0001t0002 a0002c0002t0001	a0001c0001t0002g0110 a0002c0002t0001g0006 a0002c0002t0001g0054 others(9): Show a0001c0001t0002g0110 a0002c0002t0001g0006 a0002c0002t0001g0054 a0002c0002t0001g0064 a0002c0002t0001g0074 a0002c0002t0001g0143 a0002c0002t0001g0147 a0002c0002t0001g0149 a0002c0002t0001g0165 a0002c0002t0001g0178 a0002c0002t0001g0183 a0002c0002t0001g0188	16	356	0.0449	2	c.682 others(19): Show c.682-1693_682-1692dupTT	ABRAXAS1	ENSG00000163322.14	transcript	ENST00000321945.12	protein_coding	7/8			chr4	TogoVar
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