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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABTB3_chr12_107313434_107664642	107608956	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01175.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp1 others(1): Show HG01175.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp1 HG04204.hp2	a0001 a0003 a0008 others(1): Show a0001 a0003 a0008 a0015	a0001c0001 a0003c0004 a0008c0013 others(1): Show a0001c0001 a0003c0004 a0008c0013 a0015c0022	a0001c0001t0002 a0003c0004t0004 a0008c0013t0019 others(1): Show a0001c0001t0002 a0003c0004t0004 a0008c0013t0019 a0015c0022t0003	a0001c0001t0002g0085 a0003c0004t0004g0002 a0008c0013t0019g0185 others(1): Show a0001c0001t0002g0085 a0003c0004t0004g0002 a0008c0013t0019g0185 a0015c0022t0003g0048	4	186	0.0215	2	c.164 others(21): Show c.1644-1233_1644-1232insAA	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	4/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
ABTB3_chr12_107313434_107664642	107608978	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02559.hp2 HG02647.hp1 HG03225.hp2 others(1): Show HG02559.hp2 HG02647.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0001 a0002c0002 a0006c0014 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0006c0014 a0006c0032	a0001c0001t0002 a0002c0002t0025 a0006c0014t0008 others(1): Show a0001c0001t0002 a0002c0002t0025 a0006c0014t0008 a0006c0032t0008	a0001c0001t0002g0157 a0002c0002t0025g0164 a0006c0014t0008g0126 others(1): Show a0001c0001t0002g0157 a0002c0002t0025g0164 a0006c0014t0008g0126 a0006c0032t0008g0160	4	186	0.0215	2	c.164 others(21): Show c.1644-1210_1644-1209dupTA	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	4/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
ABTB3_chr12_107313434_107664642	107623061	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp2 others(15): Show HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03225.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0003 a0007 others(1): Show a0001 a0003 a0007 a0018	a0001c0001 a0001c0012 a0003c0004 others(5): Show a0001c0001 a0001c0012 a0003c0004 a0003c0008 a0003c0021 a0003c0029 a0007c0010 a0018c0027	a0001c0001t0002 a0001c0012t0001 a0001c0012t0004 others(10): Show a0001c0001t0002 a0001c0012t0001 a0001c0012t0004 a0001c0012t0027 a0003c0004t0001 a0003c0004t0002 a0003c0008t0001 a0003c0008t0002 a0003c0021t0006 a0003c0029t0002 a0007c0010t0003 a0007c0010t0005 a0018c0027t0001	a0001c0001t0002g0096 a0001c0012t0001g0047 a0001c0012t0004g0039 others(15): Show a0001c0001t0002g0096 a0001c0012t0001g0047 a0001c0012t0004g0039 a0001c0012t0027g0023 a0003c0004t0001g0022 a0003c0004t0001g0024 a0003c0004t0002g0076 a0003c0008t0001g0021 a0003c0008t0001g0049 a0003c0008t0001g0052 a0003c0008t0002g0087 a0003c0008t0002g0092 a0003c0021t0006g0151 a0003c0029t0002g0131 a0007c0010t0003g0162 a0007c0010t0005g0090 a0007c0010t0005g0150 a0018c0027t0001g0045	18	186	0.0968	2	c.263 others(21): Show c.2631+2913_2631+2914dupTT	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	11/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
ABTB3_chr12_107313434_107664642	107623358	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG01109.hp2 HG01175.hp1 others(10): Show HG00140.hp2 HG01109.hp2 HG01175.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02056.hp2 HG02486.hp2 HG02717.hp1 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03225.hp2 NA18522.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0002 a0003 others(5): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0006 a0013 a0014 a0015	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011 others(7): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0011 a0002c0002 a0003c0004 a0004c0005 a0006c0014 a0013c0024 a0014c0023 a0015c0022	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0002 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0002 a0001c0011t0006 a0002c0002t0001 a0002c0002t0007 a0003c0004t0001 a0004c0005t0009 a0006c0014t0008 a0013c0024t0001 a0014c0023t0006 a0015c0022t0003	a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0085 others(10): Show a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0085 a0001c0003t0002g0095 a0001c0011t0006g0101 a0002c0002t0001g0120 a0002c0002t0007g0175 a0003c0004t0001g0040 a0004c0005t0009g0107 a0006c0014t0008g0126 a0013c0024t0001g0019 a0014c0023t0006g0099 a0015c0022t0003g0048	13	186	0.0699	2	c.263 others(21): Show c.2631+3219_2631+3220dupTT	ABTB3	ENSG00000151136.15	transcript	ENST00000280758.10	protein_coding	11/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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