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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP2_chr3_195269745_195448020	195378511	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01255.hp2 HG01433.hp2 HG01978.hp2 others(1): Show HG01255.hp2 HG01433.hp2 HG01978.hp2 HG03139.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010	a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0002g0303 others(1): Show a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0002g0303 a0001c0001t0010g0273	4	324	0.0124	2	c.285 others(19): Show c.285+2496_285+2497dupTT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	4/22		chr3	TogoVar
ACAP2_chr3_195269745_195448020	195391228	C C	CTT CTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG01074.hp1 HG01346.hp1 others(5): Show HG00280.hp2 HG01074.hp1 HG01346.hp1 HG01981.hp2 HG02129.hp1 HG03669.hp2 NA18961.hp1 NA18978.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0018 others(5): Show a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0126 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0143	8	324	0.0247	2	c.111 others(17): Show c.111+860_111+861dupAA	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	2/22		chr3	TogoVar
ACAP2_chr3_195269745_195448020	195396793	G G	GAA GAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00438.hp2 others(103): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00673.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03834.hp1 HG03927.hp1 HG03942.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18959.hp1 NA18961.hp1 NA18965.hp2 NA18974.hp2 NA18978.hp1 NA18981.hp1 NA18984.hp2 NA18990.hp1 NA18993.hp1 NA18998.hp1 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp2 NA19060.hp1 NA19086.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp2 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0032 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0015 a0001c0002t0035	a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0002g0006 others(103): Show a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0164 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0300 a0001c0001t0002g0303 a0001c0001t0002g0304 a0001c0001t0002g0308 a0001c0001t0002g0309 a0001c0001t0002g0310 a0001c0001t0002g0311 a0001c0001t0002g0312 a0001c0001t0002g0318 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0015 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0107 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0003g0114 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0118 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0124 a0001c0001t0003g0125 a0001c0001t0003g0126 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0128 a0001c0001t0003g0129 a0001c0001t0003g0133 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0136 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0142 a0001c0001t0003g0143 a0001c0001t0003g0144 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0005g0059 a0001c0001t0005g0061 a0001c0001t0006g0091 a0001c0001t0006g0100 a0001c0001t0008g0115 a0001c0001t0008g0116 a0001c0001t0008g0132 a0001c0001t0009g0102 a0001c0001t0009g0120 a0001c0001t0009g0121 a0001c0001t0009g0137 a0001c0001t0009g0139 a0001c0001t0011g0087 a0001c0001t0011g0088 a0001c0001t0011g0089 a0001c0001t0011g0090 a0001c0001t0011g0099 a0001c0001t0012g0076 a0001c0001t0014g0012 a0001c0001t0014g0106 a0001c0001t0014g0138 a0001c0001t0016g0187 a0001c0001t0017g0302 a0001c0001t0017g0306 a0001c0001t0032g0130 a0001c0002t0001g0043 a0001c0002t0004g0004 a0001c0002t0004g0024 a0001c0002t0004g0028 a0001c0002t0004g0030 a0001c0002t0004g0031 a0001c0002t0004g0032 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0036 a0001c0002t0004g0040 a0001c0002t0004g0041 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0004g0045 a0001c0002t0004g0046 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0048 a0001c0002t0004g0049 a0001c0002t0004g0050 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0056 a0001c0002t0004g0057 a0001c0002t0004g0205 a0001c0002t0004g0319 a0001c0002t0015g0029 a0001c0002t0015g0039 a0001c0002t0035g0058	106	324	0.3272	2	c.54- others(17): Show c.54-4648_54-4647dupTT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22		chr3	TogoVar
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