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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP3_chr1_1287391_1312930	1289129	T T	TCC TCC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG01358.hp1 others(28): Show HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02300.hp2 HG03017.hp2 HG03139.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG04184.hp1 HG04199.hp2 NA18612.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18964.hp1 NA18967.hp2 NA18977.hp1 NA18983.hp1 NA19000.hp2 NA19004.hp2 NA19043.hp1 NA19087.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0014 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0014 a0001c0002t0001 a0001c0005t0002	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0013 others(24): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0014g0221 a0001c0002t0001g0088 a0001c0002t0001g0092 a0001c0005t0002g0089	31	295	0.1051	2	c.44 others(13): Show c.4433_*4434dupGG	ACAP3	ENSG00000131584.19	transcript	ENST00000354700.10	protein_coding	3261	chr1	TogoVar
ACAP3_chr1_1287391_1312930	1289147	T T	TCC TCC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00639.hp1 HG01081.hp2 others(21): Show HG00280.hp2 HG00639.hp1 HG01081.hp2 HG01256.hp1 HG01358.hp2 HG01517.hp1 HG01975.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02293.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG03017.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp2 HG04204.hp1 NA18954.hp2 NA18975.hp1 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19009.hp1 NA19063.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0012 a0001c0015 a0001c0024	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0003t0002 a0001c0012t0001 a0001c0015t0001 a0001c0024t0006	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0012 others(20): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0147 a0001c0002t0001g0087 a0001c0003t0002g0010 a0001c0003t0002g0134 a0001c0012t0001g0192 a0001c0015t0001g0179 a0001c0024t0006g0072	24	295	0.0814	2	c.44 others(13): Show c.4415_*4416dupGG	ACAP3	ENSG00000131584.19	transcript	ENST00000354700.10	protein_coding	3243	chr1	TogoVar
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ACAP3_chr1_1287391_1312930	1289205	T T	TCC TCC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00438.hp2 others(18): Show HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00438.hp2 HG01261.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01943.hp2 HG02056.hp2 HG02602.hp1 HG02698.hp2 HG02809.hp2 HG03704.hp2 HG03834.hp1 HG04199.hp1 NA18612.hp2 NA18951.hp2 NA19000.hp1 NA19088.hp2 NA19240.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0019 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0019 a0006c0014	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0019t0002 a0006c0014t0002	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0030 others(18): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0005g0156 a0001c0002t0001g0021 a0001c0002t0001g0088 a0001c0019t0002g0133 a0006c0014t0002g0140	21	295	0.0712	2	c.43 others(13): Show c.4357_*4358dupGG	ACAP3	ENSG00000131584.19	transcript	ENST00000354700.10	protein_coding	3185	chr1	TogoVar
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