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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65216782	T T	TAC TAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG01071.hp1 HG01243.hp2 others(11): Show HG00741.hp1 HG01071.hp1 HG01243.hp2 HG01361.hp2 HG01952.hp1 HG01981.hp1 HG02280.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG03041.hp2 HG03225.hp1 HG04204.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0010 a0001c0001 a0001c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0010t0001	a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0084 others(11): Show a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0004g0188 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0032 a0001c0001t0007g0058 a0001c0010t0001g0064	14	204	0.0686	2	c.227 others(21): Show c.2273-1297_2273-1296dupGT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	18/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65230287	C C	CAT CAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG00741.hp2 HG02451.hp1 others(6): Show HG00621.hp1 HG00741.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03579.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0002c0004t0002	a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0013 others(6): Show a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0014 a0001c0002t0002g0023 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0005g0190 a0001c0002t0005g0191 a0002c0004t0002g0161	9	204	0.0441	2	c.193 others(21): Show c.1934-4070_1934-4069dupAT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	15/24		chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65230314	A A	AAT AAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03225.hp2 HG03579.hp2 NA18906.hp2 HG03225.hp2 HG03579.hp2 NA18906.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0004 a0001c0001 a0002c0004	a0001c0001t0002 a0002c0004t0002 a0001c0001t0002 a0002c0004t0002	a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0124 a0002c0004t0002g0161 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0124 a0002c0004t0002g0161	3	204	0.0147	2	c.193 others(21): Show c.1934-4097_1934-4096dupAT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	15/24		chr5	TogoVar
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ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65230356	T T	TTA TTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00735.hp2 others(129): Show HG00323.hp1 HG00423.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01361.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 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