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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAT1_chr16_75591868_75628281	75605937	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 others(15): Show HG01106.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02723.hp1 HG03225.hp1 HG03579.hp2 HG04184.hp2 NA18940.hp2 NA18994.hp2 NA19003.hp2 NA19043.hp2 NA19083.hp1	a0001 a0003 a0005 others(1): Show a0001 a0003 a0005 a0010	a0001c0001 a0003c0003 a0003c0004 others(2): Show a0001c0001 a0003c0003 a0003c0004 a0005c0006 a0010c0013	a0001c0001t0002 a0001c0001t0029 a0001c0001t0070 others(8): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0029 a0001c0001t0070 a0003c0003t0003 a0003c0003t0006 a0003c0003t0010 a0003c0003t0022 a0003c0004t0004 a0005c0006t0011 a0005c0006t0017 a0010c0013t0003	a0001c0001t0002g0297 a0001c0001t0029g0222 a0001c0001t0029g0223 others(14): Show a0001c0001t0002g0297 a0001c0001t0029g0222 a0001c0001t0029g0223 a0001c0001t0070g0316 a0003c0003t0003g0062 a0003c0003t0003g0074 a0003c0003t0003g0081 a0003c0003t0006g0040 a0003c0003t0010g0006 a0003c0003t0010g0094 a0003c0003t0010g0095 a0003c0003t0010g0096 a0003c0003t0022g0045 a0003c0004t0004g0030 a0005c0006t0011g0117 a0005c0006t0017g0118 a0010c0013t0003g0076	18	348	0.0517	2	c.128 others(21): Show c.1289+2285_1289+2286dupTT	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding	8/9			chr16	TogoVar
ADAT1_chr16_75591868_75628281	75615480	T T	TAA TAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(67): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01975.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02698.hp1 HG02735.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02965.hp1 HG03017.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03486.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03704.hp1 HG03704.hp2 HG03927.hp2 HG04115.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp1 NA18960.hp1 NA18964.hp2 NA18979.hp1 NA18984.hp1 NA19003.hp2 NA19006.hp2 NA19010.hp1 NA19081.hp1 NA19086.hp1 NA20129.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0003 a0004 others(4): Show a0001 a0003 a0004 a0005 a0006 a0010 a0012	a0001c0001 a0001c0008 a0001c0016 others(7): Show a0001c0001 a0001c0008 a0001c0016 a0003c0003 a0003c0004 a0004c0005 a0005c0006 a0006c0009 a0010c0013 a0012c0015	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(24): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0068 a0001c0008t0014 a0001c0008t0065 a0001c0016t0030 a0003c0003t0003 a0003c0003t0006 a0003c0003t0010 a0003c0003t0035 a0003c0003t0036 a0003c0004t0004 a0004c0005t0008 a0005c0006t0011 a0005c0006t0017 a0005c0006t0045 a0006c0009t0003 a0010c0013t0003 a0012c0015t0008	a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0217 others(64): Show a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0002g0270 a0001c0001t0002g0271 a0001c0001t0002g0272 a0001c0001t0002g0273 a0001c0001t0002g0274 a0001c0001t0002g0275 a0001c0001t0002g0277 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0280 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0002g0286 a0001c0001t0002g0287 a0001c0001t0002g0288 a0001c0001t0002g0290 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0307 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0005g0313 a0001c0001t0006g0043 a0001c0001t0007g0237 a0001c0001t0007g0239 a0001c0001t0007g0248 a0001c0001t0028g0246 a0001c0001t0028g0247 a0001c0001t0029g0222 a0001c0001t0030g0289 a0001c0001t0031g0276 a0001c0001t0031g0285 a0001c0001t0032g0018 a0001c0001t0068g0240 a0001c0008t0014g0218 a0001c0008t0014g0219 a0001c0008t0065g0220 a0001c0016t0030g0292 a0003c0003t0003g0046 a0003c0003t0003g0073 a0003c0003t0006g0040 a0003c0003t0006g0041 a0003c0003t0010g0096 a0003c0003t0035g0042 a0003c0003t0036g0055 a0003c0004t0004g0022 a0004c0005t0008g0107 a0004c0005t0008g0108 a0005c0006t0011g0115 a0005c0006t0011g0117 a0005c0006t0011g0119 a0005c0006t0017g0116 a0005c0006t0017g0118 a0005c0006t0045g0114 a0006c0009t0003g0088 a0010c0013t0003g0079 a0012c0015t0008g0109	70	348	0.2012	2	c.424 others(19): Show c.424+1660_424+1661dupTT	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding	5/9			chr16	TogoVar
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ADAT1_chr16_75591868_75628281	75619893	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp1 HG01496.hp1 HG03017.hp1 others(9): Show HG01106.hp1 HG01496.hp1 HG03017.hp1 HG03098.hp1 NA18941.hp2 NA18991.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp2 NA19003.hp1 NA19006.hp1 NA19007.hp1 NA19064.hp2	a0002 a0003 a0002 a0003	a0002c0002 a0002c0010 a0003c0003 a0002c0002 a0002c0010 a0003c0003	a0002c0002t0001 a0002c0002t0061 a0002c0002t0063 others(2): Show a0002c0002t0001 a0002c0002t0061 a0002c0002t0063 a0002c0010t0001 a0003c0003t0019	a0002c0002t0001g0134 a0002c0002t0001g0199 a0002c0002t0001g0200 others(9): Show a0002c0002t0001g0134 a0002c0002t0001g0199 a0002c0002t0001g0200 a0002c0002t0001g0201 a0002c0002t0001g0202 a0002c0002t0001g0203 a0002c0002t0001g0205 a0002c0002t0001g0206 a0002c0002t0061g0213 a0002c0002t0063g0216 a0002c0010t0001g0204 a0003c0003t0019g0128	12	348	0.0345	2	c.238 others(17): Show c.238+371_238+372dupTT	ADAT1	ENSG00000065457.11	transcript	ENST00000564657.2	protein_coding	3/9			chr16	TogoVar
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