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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY3_chr2_24814169_24925237	24857991	A A	ATT ATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02451.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 others(2): Show HG02451.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02965.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0006 a0002c0001 a0001c0006 a0002c0001	a0001c0006t0007 a0002c0001t0001 a0001c0006t0007 a0002c0001t0001	a0001c0006t0007g0261 a0001c0006t0007g0262 a0001c0006t0007g0263 others(2): Show a0001c0006t0007g0261 a0001c0006t0007g0262 a0001c0006t0007g0263 a0001c0006t0007g0264 a0002c0001t0001g0130	5	272	0.0184	2	c.825 others(21): Show c.825+14577_825+14578dupAA	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	3/21			chr2	TogoVar
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24858043	G G	GGC GGC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01884.hp2 others(7): Show HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp2 HG02258.hp2 HG02486.hp2 HG02630.hp1 HG02897.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 others(3): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0014 a0001c0026	a0001c0002t0006 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 others(4): Show a0001c0002t0006 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0004t0008 a0001c0006t0003 a0001c0014t0006 a0001c0026t0003	a0001c0002t0006g0215 a0001c0002t0006g0216 a0001c0003t0001g0036 others(7): Show a0001c0002t0006g0215 a0001c0002t0006g0216 a0001c0003t0001g0036 a0001c0003t0003g0213 a0001c0003t0003g0214 a0001c0003t0003g0217 a0001c0004t0008g0235 a0001c0006t0003g0256 a0001c0014t0006g0259 a0001c0026t0003g0255	10	272	0.0368	2	c.825 others(21): Show c.825+14525_825+14526dupGC	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	3/21			chr2	TogoVar
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24862545	C C	CAA CAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(130): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01168.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 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