Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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FAM163B_chr9_133572081_133614389	133588612	C C	CTGAAGGA others(2045): Show CTGAAGGATCTAGGATGCTGAAGGATCTAGTGTGTTGAGGGATCTAGCAT GCTGAAGGATCTAGCATGTTAAGGGATCTAGCATGTCGAGAGATCTAGCA TGCTGAAGGATCTAGCATGCTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGTTCTAGT GTGTTGAGAGATCAAGCACGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAGAGATCTAG TGTGTTGAGGGATCTAGCGTGCTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGATCTA GGATGCTGAAGGATCTAGTGTGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAAGGATCT AGTGTTTTAAGGGTCTAGCGTGTTGAGGGATCTAGCATGCCAAAATATCT AGCAAGTTGAGAGATCTAGCATGCTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGATC TGGCATGCTGAAGGATGTAGCACTAGCATGCTGAAAGATCTAGCATGCTG AAAGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCAGGTTGAGGGATCTAGCAGGTT GAAGGATCTAGCATGCTGAGGGATCTGGCATGTTGAAGGATCTAGAATGT TGAAGGATCTAGCACGTTAAGGGATCTAGCGTGTTGAGAGATCTAATGTG TTGAGGGATCTAGCATGTTAAGGGATCTAGCATGTTGAGAGATCTAACAT GTTGAGGGATCTAGCATGCTGAAAGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCA TGCTGAAGGATCTAGCATGCTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGC GTGTTGAGGGTTCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAAGGATCTAG AGTGTTAAGGGTCTAGCGTGTTGAGGGATCTTGCATGCTGAAAGATCTAG CATGTTGAGAGATCTAGCATACTGCAGGATCTAGCTTGTTGAGGGATCTA GCATATTGAGAGATCTAGTGTGTTGAGGGATCTAGCATGCTGAGGGATCT AGCGTGTTGAAGGACCTAGCATTTTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGTCT AGCATGTGGAGAGATCTAGTGTGTTTAGGGATCTAGCATGCTGAATGATC TAGCATTAGCATGTTGAAGGATCTAGTATGTTGAGGGATCTGGCATTTGA AGGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAAGGATCTAGCATGTTG AAGGATCCAGCACTAGCATGCTGAAAGATTTAGAAGGTTGAAGGATGTAG CATGCTGAGGGATCTAGTGTGCTGAAGGATCTAGCATGTTGAAAGATCTA GCATGTTGAAGGATCTAGCATGTTGAGGGTCTAGCATGTGGGGAGATCTA GCGTGTTTAGGGATCTAGCATGTTGACAGATCTAGCATGTTGAAGGATCT AGCATGTTGAGGGATCTAGCAGGTTGAAGGATCGAGCATGCTGAGGGATC TAGCATGTCGATGGATCTAGCATACTGAAGGATCTAGTATGTTGAGGGAT CTAGCATGTTGAGAGATCTAGTGTGTTGAGGGATGTAGCATGCTGAAGGA TCTAGCATGTTGAAGGATCTAGCATATTGAGAGATCTAGCATGTTGAGGG ATCTAGGATGCTGAAGGATCTAGTGTGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAAG GATCTAGGGTGTTAAGGGTCTAGCAGGTTGAGGGATCTTGCATGCTGAAA GATCTAGCATGTTGAGAGATCTAGCATGCTGCAGGATCTAGCTTTTTGAG GGATCTAGCATGTTGAGAGATCTAGCGTGTTGATGGATCTAGCATGTTGA GGGATCTAGCATGTTGAGAGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCATGCTG AAGGATCTAACATGTTGAGAGATCTAACGTGTTAAGGGATCTAGGATGCC GAAGGATCTAGCATGTTGAGGGATCTAGCATGTTGAGAGATCTAGTGTGT TGAGGGGTCTAGGATGCTGAAGGATCTAGCATGCTGAGATATCTAGCATG TTGAGAGATCTAGCGTGTTGAGGGATCTAGCATCCTGAGGGATCTAGCAT GTCGATGGATCTAGCATGTTGAAGGATCTAGTGTGTTGAGGGATCTAGCA TGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG02109.hp1 HG02809.hp1 others(4): Show HG01109.hp2 HG02109.hp1 HG02809.hp1 HG02976.hp1 HG03209.hp1 HG03579.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0001c0001t0001 a0001c0001t0009	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 others(2): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0009g0094	7	382	0.0183	2052	c.-23 others(2069): Show c.-23-8367_-23-8366insACATGCTAGATCCCTCAACACACTAGAT CCTTCAACATGCTAGATCCATCGACATGCTAGATCCCTCAGGATGCTAGA TCCCTCAACACGCTAGATCTCTCAACATGCTAGATATCTCAGCATGCTAG ATCCTTCAGCATCCTAGACCCCTCAACACACTAGATCTCTCAACATGCTA GATCCCTCAACATGCTAGATCCTTCGGCATCCTAGATCCCTTAACACGTT AGATCTCTCAACATGTTAGATCCTTCAGCATGCTAGATCCCTCAACATGC TAGATCTCTCAACATGCTAGATCCCTCAACATGCTAGATCCATCAACACG CTAGATCTCTCAACATGCTAGATCCCTCAAAAAGCTAGATCCTGCAGCAT GCTAGATCTCTCAACATGCTAGATCTTTCAGCATGCAAGATCCCTCAACC TGCTAGACCCTTAACACCCTAGATCCTTCAACATGCTAGATCCCTCAACA CACTAGATCCTTCAGCATCCTAGATCCCTCAACATGCTAGATCTCTCAAT ATGCTAGATCCTTCAACATGCTAGATCCTTCAGCATGCTACATCCCTCAA CACACTAGATCTCTCAACATGCTAGATCCCTCAACATACTAGATCCTTCA GTATGCTAGATCCATCGACATGCTAGATCCCTCAGCATGCTCGATCCTTC AACCTGCTAGATCCCTCAACATGCTAGATCCTTCAACATGCTAGATCTGT CAACATGCTAGATCCCTAAACACGCTAGATCTCCCCACATGCTAGACCCT CAACATGCTAGATCCTTCAACATGCTAGATCTTTCAACATGCTAGATCCT TCAGCACACTAGATCCCTCAGCATGCTACATCCTTCAACCTTCTAAATCT TTCAGCATGCTAGTGCTGGATCCTTCAACATGCTAGATCCTTCAACATGC TAGATCCCTCAACATGCTAGATCCTTCAAATGCCAGATCCCTCAACATAC TAGATCCTTCAACATGCTAATGCTAGATCATTCAGCATGCTAGATCCCTA AACACACTAGATCTCTCCACATGCTAGACCCTCAACATGCTAGATCCTTC AAAATGCTAGGTCCTTCAACACGCTAGATCCCTCAGCATGCTAGATCCCT CAACACACTAGATCTCTCAATATGCTAGATCCCTCAACAAGCTAGATCCT GCAGTATGCTAGATCTCTCAACATGCTAGATCTTTCAGCATGCAAGATCC CTCAACACGCTAGACCCTTAACACTCTAGATCCTTCAACATGCTAGATCC CTCAACATGCTAGAACCCTCAACACGCTAGATCCCTCAACATGCTAGATC CTTCAGCATGCTAGATCCTTCAGCATGCTAGATCCCTCAACATGCTAGAT CTTTCAGCATGCTAGATCCCTCAACATGTTAGATCTCTCAACATGCTAGA TCCCTTAACATGCTAGATCCCTCAACACATTAGATCTCTCAACACGCTAG ATCCCTTAACGTGCTAGATCCTTCAACATTCTAGATCCTTCAACATGCCA GATCCCTCAGCATGCTAGATCCTTCAACCTGCTAGATCCCTCAACCTGCT AGATCCCTCAACATGCTAGATCTTTCAGCATGCTAGATCTTTCAGCATGC TAGTGCTACATCCTTCAGCATGCCAGATCCCTCAACATGCTAGATCCTTC AGCATGCTAGATCTCTCAACTTGCTAGATATTTTGGCATGCTAGATCCCT CAACACGCTAGACCCTTAAAACACTAGATCCTTCAACATGCTAGATCCCT CAACACACTAGATCCTTCAGCATCCTAGATCCCTCAACATGCTAGATCCT TCAGCACGCTAGATCCCTCAACACACTAGATCTCTCAACATGCTAGATCC CTCAACGTGCTTGATCTCTCAACACACTAGAACCCTCAACATGCTAGATC CTTCAGCATGCTAGATCCTTCAGCATGCTAGATCTCTCGACATGCTAGAT CCCTTAACATGCTAGATCCTTCAGCATGCTAGATCCCTCAACACACTAGA TCCTTCAGCATCCTAGATCCTTCA	FAM163B	ENSG00000196990.10	transcript	ENST00000673969.1	protein_coding	1/2		chr9	TogoVar
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