Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRE2_chr19_14727392_14783560	14763755	C C	CCTCTCCT others(2069): Show CCTCTCCTCCTCCTCCTCTTGTCCACCACCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCT TCTGCTCCTCTTCCTCCTCTCCTCCTCCTCTCCACCTCCTCCTCTCCTCC TTGTCTCCTCCTCTCTTCCTCTCCTCGTCCTCTCCTCCTCCTCTCCTCTT CCTCTCCTCGTCCTCTCCTCCTCCTCTCCCCTTCCTCCTCTCCTCCCCCT CCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCCCCCTCCTCCTCTCCTCCTCC TCCTCTCCTCCTCCTCCTCTCCTTCCCTTCCTCCTCCTCTCCTCCCCTTC CTCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCTCTTCCTC CTCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCCCCTTCCTCCTCCTCTCCTCCCCTTCCT CCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCTCTTCCTCCT CTCCTCCTCCTCTCTTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTTTCCTCTC CTCCTCCTCTCTTCCTTCTCTCCTCCTCTCCTCTTCCTCTCCTTCTCCTC TCCTCTTCCTGCTCCTCTCGTCCTCCTCCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCTC CTCCCCCTCTCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTCCCCCT CCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCTCTTCCTCCTCTC CTCCTCTCTTCCTCCTCTCCTCCTCTCCTCTTCCTCTCCTTCTCCTCTCC TCATCCTGCTCCTCTTGTCCTCCTCTCCTCCTCCTTCTCTCCTCTTCCTG CTCCTCTCGTCCTCCTCTCGTCCTCCTCTCCTCCTCCTCTCCTCTTCCTC TCCTGCCCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCCCCCT CCTCCTCCTCCTCTCCTCCCCCTCCTCCTCTCCTCCCCTTCCTCCTCCTC TTCTCCTCCTCCTCTCCTCTTCCTCTCCTCCTCCTCTCTTCCTCCTCTCC TCCTCCTCTTCTTTTCCTCTCCTCCTCCTCTCTTCCTTCTCTCCTCCTCT CCTCTTCCTCTCCATCTCCTCTCCTCTTCCTGCTCCTCTCGTCCTCCTCT CCTCCTCCTCTCCTCTTCCTGCTCCTCTCGTCCTCCTCTCCTCCTCCTCT CCTCTTCCTCTCCTGCCCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCCCTTCTCCTCC TCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTTCCCCTCTCC TCCTCCCCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTTCCCC TCTCCTCCTCCCCCATCCTCCTCCCCCTCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCC TCCCCCTCTCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCTCCTC CTCCTCCTCTCCTCCTCCTCTTTTCCTCCTCTCCTCCTCTCCTCTTCCTC TCCTACTCCTCCCCTCATCCTGCTCCTCTCGTCCTCCTCTCCTCCTCCTT CTCTCCTCTTCCTGCTCCTCTCGTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCTCCTCTT CCTCTCCTGCCCCTCCTCCTCTCCTGCCCCTCCTCCTCTCCTCCCCCTCC TCCTCTCCTCCCCCTCCTCCTCTCCTCCCCTCCTCCTCTCCTCCCCTTCC TCCTCCTCTTCTCCTCCTCCTCTCCTCTTCCTCTCCTCCTCCTCTCTTCC TCCTCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTTTCCTCTCCTCCTCCTCTCTTCCTTC TCTCCTCCTCTCCTCTTCCTCTCCTTCTCCTCTCCTCCTCCTCTCTTCCT CTCCTCCTCCTCTCCTCTTTTCCTCATCCTCTCCTCCTTCTCCTCTCCTC TGCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTTGTCTCCTCCTCCTACCCTCCTCCTTCC CTCTTCCTCCTCTCCTCCTCCTCTTCTTTTCCTCCTCTCCTCCTTCTTGT CTCCTCCCCGTCCTCTTCTCCTTCCCTCTTCCTCCTCCACTCCTCCTCCT CTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTTCTTCTCTCCTCCTCCACT CCTCCTCTTCCTCCTCTCCTCCTCCTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02135.hp1 HG02135.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0199	1	218	0.0046	2076	c.108 others(2093): Show c.1084+677_1084+678insAAGGAGGAGGAGAGGAGGAAGAGGAGGA GTGGAGGAGGAGAGAAGAAGGAGGAGAGGAGGAGGAGGAGAAGGAGGAGA GGAGGAGGAGTGGAGGAGGAAGAGGGAAGGAGAAGAGGACGGGGAGGAGA CAAGAAGGAGGAGAGGAGGAAAAGAAGAGGAGGAGGAGAGGAGGAAGAGG GAAGGAGGAGGGTAGGAGGAGGAGACAAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGCAG AGGAGAGGAGAAGGAGGAGAGGATGAGGAAAAGAGGAGAGGAGGAGGAGA GGAAGAGAGGAGGAGGAGAGGAGAAGGAGAGGAAGAGGAGAGGAGGAGAG AAGGAAGAGAGGAGGAGGAGAGGAAAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGAGGAG GAAGAGAGGAGGAGGAGAGGAAGAGGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGAGGAG GAAGGGGAGGAGAGGAGGAGGGGAGGAGAGGAGGAGGGGGAGGAGAGGAG GAGGGGGAGGAGAGGAGGAGGGGCAGGAGAGGAGGAGGGGCAGGAGAGGA AGAGGAGAGGAGGAGGAGAGGGAGGACGAGAGGAGCAGGAAGAGGAGAGA AGGAGGAGGAGAGGAGGACGAGAGGAGCAGGATGAGGGGAGGAGTAGGAG AGGAAGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAAAAGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGG AGGAGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAGGAGAGGGGGAG GAGGGGAGGGGGGAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGATGGGGGAGGAGGAGAG GGGAAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGGGGGGAGGAG GAGAGGGGAAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGAGGGGAGGAGGAGGGGGAG GAGGAGAAGGGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGGGCAGGAGAGGAAGAGGA GAGGAGGAGGAGAGGAGGACGAGAGGAGCAGGAAGAGGAGAGGAGGAGGA GAGGAGGACGAGAGGAGCAGGAAGAGGAGAGGAGATGGAGAGGAAGAGGA GAGGAGGAGAGAAGGAAGAGAGGAGGAGGAGAGGAAAAGAAGAGGAGGAG GAGAGGAGGAAGAGAGGAGGAGGAGAGGAAGAGGAGAGGAGGAGGAGAAG AGGAGGAGGAAGGGGAGGAGAGGAGGAGGGGGAGGAGAGGAGGAGGAGGA GGGGGAGGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGAGGGGCAGGAG AGGAAGAGGAGAGGAGGAGGAGAGGAGGACGAGAGGAGGACGAGAGGAGC AGGAAGAGGAGAGAAGGAGGAGGAGAGGAGGACAAGAGGAGCAGGATGAG GAGAGGAGAAGGAGAGGAAGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAAGAGAGGAGG AGAGGAGGAAGAGAGGAGGAGAGGAGGAGGAGGGGAGGGGGAGGAGGGGA GGGGGAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGAGGGGGAGG AGGAGAGGGGGAGGAGGAGGGGAGGAGGACGAGAGGAGCAGGAAGAGGAG AGGAGAAGGAGAGGAAGAGGAGAGGAGGAGAGAAGGAAGAGAGGAGGAGG AGAGGAAAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAAGAGAGGAGGAGGAGA GGAGGAAGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGAGGA GGAAGGGGAGGAGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGAGGAGGAGGAGGAGAGG AGGAAGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGAGGAGG AAGGGGAGGAGAGGAGGAGGAAGGGAAGGAGAGGAGGAGGAGGAGAGGAG GAGGAGGAGAGGAGGAGGGGGAGGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGGA GGGGGAGGAGAGGAGGAAGGGGAGAGGAGGAGGAGAGGACGAGGAGAGGA AGAGGAGAGGAGGAGGAGAGGACGAGGAGAGGAAGAGAGGAGGAGACAAG GAGGAGAGGAGGAGGTGGAGAGGAGGAGGAGAGGAGGAAGAGGAGCAGAA GAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGTGGTGGACAAGAGGAGGAGGAGGAGAG	ADGRE2	ENSG00000127507.18	transcript	ENST00000315576.8	protein_coding	11/20			chr19	TogoVar
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