Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DEAF1_chr11_639233_700222	642838	C C	CCAGGCGG others(2141): Show CCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAG GAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGG TCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGG TGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAG GCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAG GGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAG AGGAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGGACACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAG GGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGG GCTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCC AGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGA AGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTC AGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTG AGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGC GGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGG ACAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAG GAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTGAGGG TCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGC TGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAG GCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAG GGACAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAC AGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAG GGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGG GCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCC AGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGA AGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTC AGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTG AGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGC GGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGG CCAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGGTCAGAG GAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGG TCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCACAGGAAGGGCCAGGCGGGG TGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAG GCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAG GGCCAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAC AGGAAGGGACAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGACAGGCGGGGTGAG GGTCAGAGGAAGGGGCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGG GGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCACAGGAAGGGAC AGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGCTGAGGGTCAGAGGA AGGGCCAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGGCAGGTGGGGTGAGGGTC AGAGGAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGGTG AGGGTCAGAGGAAGGGCCAGGCGGGGTGAGGGTCAGAGGAAGGGGCAGGT GGGGTGAGGGGCACAGGAAGGGCCAGGCGGGATAATGGTCAGAGGAAGGG CCAGGCGGGGTGAGGGACAGGCGGGGTGAGGGGCAGGCGGGGTGAGGGG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG03239.hp1 HG03239.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0082	1	345	0.0029	2148	c.17 others(2159): Show c.1711_*1712insCCCCTCACCCCGCCTGCCCCTCACCCCGCCTGTC CCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCATTATCCCGCCTGGCCCTTCC TGTGCCCCTCACCCCACCTGCCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGGC CCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCG CCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCACCTGCCCCTTCCTCTGACCCTC ACCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTG ACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTT CCTCTGACCCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTG CCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCACCC CGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCC TCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTC TGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTCCC TTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCC TGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCAC CCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGAC CCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCC TGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTC CCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCG CCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTC ACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTG ACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGTCCCTT CCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTG GCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCC CGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCC TCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTC TGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCC TTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCC TGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAG CCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGAC CCTCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCC TGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTC CCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCG CCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTC ACCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTG ACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTT CCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTG TCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTGTGTCCCTCACCC CGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCC TCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTC TGACCCTCAGCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAGCCCGCCTGGCCC TTCCTCTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCC TGTCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGGCCCTTCCTCTGACCCTCAG CCCGCCTGGCCCTTCCTGTGACCCTCACCCCGCCTGTCCCTTCCTCTGAC CCTCAGCCCGCCTG	DEAF1	ENSG00000177030.19	transcript	ENST00000382409.4	protein_coding		1394		chr11	TogoVar
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