JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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VAV3_chr1_107566161_107970180	107830681	A A	AATAAATC others(2148): Show AATAAATCTGCCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTCCTTTCTTTTTTTTTTTTATTATACTCTAAGTTTTAGGG TACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGC TGGTGCACTGCACCCACTAATGTGTCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCA ATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCGACCCCACCACAGTCCCCAGAGTGTG ATATTCCCCCTCCTGTGTCCATGTGATCTCATTGTTCAATTCCCACCTAT GAGTGAGATTATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGA GAATGATGGTTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGATATGAACTCA TCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTT CTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTG CTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAG CAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGG GTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACT TCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTT CCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAAT GATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTAATTGTGGTTTTGATTT GCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTCTTCATGTGTTTTTTG GCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTCGCCCA CTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCAT TGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATT TTCTCCCATGTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGC TGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTT TTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTGGACATGAAGTCCTTGCCCACGCCT ATGTCCTGAATGGTAATGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTT AGGTCTAACGTTTAAATCTTTAATCCATCTTGAATTGATTTTTGTATAAG GTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTT TCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTT CTCAGGTTTGTCAAAGATCAGCACAAGACAGGGATGCCCTCTCTCACCGC TCCTATTCAACATAGTGTTGGAAGTTCTGGCCAGGGCAATCAGGCAGGAG AAGGAAATAAAGGGTATTCAATTAGGAAAAGAGGAAGTCAAATTGTCCCT GTTTGCAGACGACATGATTGTTTATCTAGAAAACCCCATCGTCTCAGCCC AAAATCTCCTTAAGCTGATAAGCAACTTCAGCAAAGTCTCAGGATACAAA ATCAATGTACAAAAATCACAAGCATTCTTATACACCAACAACAGACAAAC AGAGAGCCAAATCATGGGTGAACTCCCATTCACAATTGCTTCAAAGAGAA TAAAATACCTAGGAATCCAACTTACAAGGGATGTGAAGGACCTCTTCAAG GAGAACTACAAACCACTGCTCAAGGAAATAAAAGAGGACACAAACAAATG GAAGAACATTCCATGCTCATGGGTAGGAAGAATCAATATCGTGAAAATGG CCATACTGCCCAAGGTAATTTACAGATTCAATGCCATCCCCATCAAGCTA CCAATGACTTTCTTCACAGAATTGGAAAAAACTACTTTAAAGTTCATATG GAACCAAAAAAGAGCCCGCATCGCCAAGTCAATCCTAAGCCAAAAGAACA AAGCTGGAGGCATCACACTACCTGACTTCAAACTATACTACAAGGCTACA GTAACCAAAACAGCATGGTACTGGTACCAAAACAGAGATATAGATCAATG GAACAGAACAGAGCCCTCAGAAATAATGCCGCATATCTACAACTATCTGA TCTTTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02717.hp2 HG03540.hp2 HG02717.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006	a0001c0001t0004g0050 a0001c0001t0006g0014 a0001c0001t0004g0050 a0001c0001t0006g0014	2	210	0.0095	2155	c.321 others(2174): Show c.321+44219_321+44220insCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGC GGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTT TTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTT TGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTAGGATT GACTTGGCGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGT TTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCAT TGAATCTGTAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATT CTTCCTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTGTCCTCTTT TATTTCCTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACAT CCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTG AATGGGAGTTCACCCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTGTTGGTGTA TAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGC TGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTT TCTAGATAAACAATCATGTCGTCTGCAAACAGGGACAATTTGACTTCCTC TTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGG CCAGAACTTCCAACACTATGTTGAATAGGAGCGGTGAGAGAGGGCATCCC TGTCTTGTGCTGATCTTTGACAAACCTGAGAAAAACAAGCAATGGGGAAA GGATTCCCTATTTAATAAATGGTGCTGGGAAAACTGGCTAGCCATATGTA GAAAGCTGAAACTGGATCCCTTCCTTACACCTTATACAAAAATCAATTCA AGATGGATTAAAGATTTAAACGTTAGACCTAAAACCATAAAAACCCTAGA AGAAAACCTAGGCATTACCATTCAGGACATAGGCGTGGGCAAGGACTTCA TGTCCAAAACACCAAAAGCAATGGCAACAAAAGCCAAAATTGACAAATGG GATCTAATTAAACTAAAGAGCTTCTGCACAGCAAAAGAAACTACCATCAG AGTGAACAGGCAACCTACAACATGGGAGAAAATTTTCGCAACCTACTCAT CTGACAAAGGGCTAATATCCAGAATCTACAATGAACTCAAACAAATTTAC AAGAAAAAAACAAACAACCCCATCAAAAAGTGGGCGAAGGACATGAACAG ACACTTCTCAAAAGAAGACATTTATGCAGCCAAAAAACACATGAAGAAAT GCTCATCATCACTGGCCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACCACAATTAGA TACCATCTCACACCAGTTAGAATGGCAATCATTAAAAAGTCAGGAAACAA CAGGTGCTGGAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGT GGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCGATTCCTC AGGGATCTAGAACTAGAAATACCATTTGACCCAGCCATCCCATTACTGGG TATATACCCAAAGGACTATAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACAC GTATGTTTATTGCGGCACTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAACCC AAATGTCCAACAATGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCACATATACAC CATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAATGATGAGTTCATATCCTTTGTAG GGACATGGATGAAATTGGAAACCATCATTCTCAGTAAACTATCGCAAGAA CAAAAAACCAAACACCGCATAATCTCACTCATAGGTGGGAATTGAACAAT GAGATCACATGGACACAGGAGGGGGAATATCACACTCTGGGGACTGTGGT GGGGTCGGGGGGAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGCT AGATGACACATTAGTGGGTGCAGTGCACCAGCATGGCACATGTATACATA TGTAACTAACCTGCACAATGTGCACATGTACCCTAAAACTTAGAGTATAA TAAAAAAAAAAAAGAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAGAAAGGCAGATTTAT	VAV3	ENSG00000134215.16	transcript	ENST00000370056.9	protein_coding	2/26			chr1	TogoVar
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