Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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PRR20G_chr3_127278783_127293046	127289915	T T	TATATATA others(2154): Show TATATATATTTATACATATTTATATATTTTATATATAGTTATATAACTAT ATATTTTATATAGTTATATAACTATATATTTTATATATAGTTATATAACT ATATATTTTATATATACTTATATAACTATATATTTTATATATAGTTATAT AACTATATATTTTATATAGTTATATAACTATATATTTTATATATAGTTAT ATAACTATATATTTTATATATAGTTATATAACTATATATTTTATATATAG TTATATAAAATATATTTTATATATAGTTATATAACATATATTTTATATAG TTATATTAATATATATTTTATATATAGTTATATATATTTTATATATATTT ATATACTATATATTTTATATATAGTATATAAATATATTTTTATATATAGT TATATAAATATATATTTATATATAGTTATATAAATATATATTTATATATA GTTATATAAATATATATTTTATATTTATATATAGTTATATAAATATATAT TTTATATTTATATATATTTTAATATATTATATATTTATATATATTTTAAT ATATTATATATTTATATATAATATATTTTAATATATTATACATTTATATA AAATATATTTCAATATATTATACATTTATATAAAATATATTTCAATATAT TATACATTTATATAAAATATATTTCAATATATTATATATTTATATAAAAT ATATTTCAATATATTATATATTTATGTATAGTTTAATATATTATATATTT ATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATTATAT ATTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATT ATATATTTATGTATAATATATTTTAATATATTATATATTTATGTATAATA TATTTTAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTA TGTATAATATATTTTAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATT ATATATTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTATAATATATTT TAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTAT AATATATTTTAATATATTATATATTTATGTATATTTTAATATATTATATA TTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTATAATATATTTTAATA TATTATATATTTATGTATATTTTAATATATTATATATTTATGTATAATAT ATTTTAATATATTATATATTTATGTATAATATATTTTAATATATTATATA TTTATGTATAATATATTTTAATATATTATATATTTATGTATTATATATTA ATATATTATATATTTATGTATTATATATTTTAATAGATTATATATTTATG TATTATATATTTAAGATATTATATATTTATGTATTATATATTTAAGATAT TATATATTTATGTATTATATATTTAATATATTATATATTTATGTATTATA TATTTAATATATTATATATTTATGTATTATATATTTAATATATTATATAT TTATGTATTATATATTTAATATATTATATATTTATGTATTATATATTTTA ATATATTATATATTTATGTATTATATATTTTAATATATTATATATTGTAT ATATTATATATTTTAATATATTATATATTGTATATATTATATATTTTAAT ATATTATATATTGTATATATTATATATATTTATATATTACATTACTTATA CACTATATATATGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATAT ATATATATATATACACACACACACACATATATATAGTGTATAAGTAATGT AATTCCAGTTAGGCTCTCAATTTGTTTGTTGTTGTTGCTTTTGTTTTTAA AAAAATCAACTTCATTGAGGTACAATTTACACACAGTAAAATGCATCCAT TTGAAGTACCCAATTTGATGAGTTTTGATAAACTTGTAGACTTGGGTAAC CACTCCCACAGTTAAAATACAGAATAATTTCATCACTGGGCCAGCTCCCT TGCGTCCTTTAGCGGTCAGCCCCCTTCCCCTATCCTCTGCCCCAGCAACC ACTGATCTGCTTTTTATCTCTACAGATTATTTTTGCTTGTTCTAGGATTT CACATAAATGGA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03654.hp2 HG03654.hp2	a0002 a0002	a0002c0003 a0002c0003	a0002c0003t0004 a0002c0003t0004	a0002c0003t0004g0003 a0002c0003t0004g0003	1	432	0.0023	2161	c.-20 others(2172): Show c.-2045_-2044insTCCATTTATGTGAAATCCTAGAACAAGCAAAAAT AATCTGTAGAGATAAAAAGCAGATCAGTGGTTGCTGGGGCAGAGGATAGG GGAAGGGGGCTGACCGCTAAAGGACGCAAGGGAGCTGGCCCAGTGATGAA ATTATTCTGTATTTTAACTGTGGGAGTGGTTACCCAAGTCTACAAGTTTA TCAAAACTCATCAAATTGGGTACTTCAAATGGATGCATTTTACTGTGTGT AAATTGTACCTCAATGAAGTTGATTTTTTTAAAAACAAAAGCAACAACAA CAAACAAATTGAGAGCCTAACTGGAATTACATTACTTATACACTATATAT ATGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATAT ATACACACACACACACATATATATAGTGTATAAGTAATGTAATATATAAA TATATATAATATATACAATATATAATATATTAAAATATATAATATATACA ATATATAATATATTAAAATATATAATATATACAATATATAATATATTAAA ATATATAATACATAAATATATAATATATTAAAATATATAATACATAAATA TATAATATATTAAATATATAATACATAAATATATAATATATTAAATATAT AATACATAAATATATAATATATTAAATATATAATACATAAATATATAATA TATTAAATATATAATACATAAATATATAATATCTTAAATATATAATACAT AAATATATAATATCTTAAATATATAATACATAAATATATAATCTATTAAA ATATATAATACATAAATATATAATATATTAATATATAATACATAAATATA TAATATATTAAAATATATTATACATAAATATATAATATATTAAAATATAT TATACATAAATATATAATATATTAAAATATATTATACATAAATATATAAT ATATTAAAATATACATAAATATATAATATATTAAAATATATTATACATAA ATATATAATATATTAAAATATACATAAATATATAATATATTAAAATATAC ATAAATATATAATATATTAAAATATATTATACATAAATATATAATATATT AAAATATACATAAATATATAATATATTAAAATATATTATACATAAATATA TAATATATTAAAATATACATAAATATATAATATATTAAAATATACATAAA TATATAATATATTAAAATATATTATACATAAATATATAATATATTAAAAT ATACATAAATATATAATATATTAAAATATATTATACATAAATATATAATA TATTAAAATATATTATACATAAATATATAATATATTAAAATATACATAAA TATATAATATATTAAAATATACATAAATATATAATATATTAAAATATACA TAAATATATAATATATTAAAATATACATAAATATATAATATATTAAACTA TACATAAATATATAATATATTGAAATATATTTTATATAAATATATAATAT ATTGAAATATATTTTATATAAATGTATAATATATTGAAATATATTTTATA TAAATGTATAATATATTGAAATATATTTTATATAAATGTATAATATATTA AAATATATTATATATAAATATATAATATATTAAAATATATATAAATATAT AATATATTAAAATATATATAAATATAAAATATATATTTATATAACTATAT ATAAATATAAAATATATATTTATATAACTATATATAAATATATATTTATA TAACTATATATAAATATATATTTATATAACTATATATAAAAATATATTTA TATACTATATATAAAATATATAGTATATAAATATATATAAAATATATATA ACTATATATAAAATATATATTAATATAACTATATAAAATATATGTTATAT AACTATATATAAAATATATTTTATATAACTATATATAAAATATATAGTTA TATAACTATATATAAAATATATAGTTATATAACTATATATAAAATATATA GTTATATAACTATATAAAATATATAGTTATATAACTATATATAAAATATA TAGTTATATAAGTATATATAAAATATATAGTTATATAACTATATATAAAA TATATAGTTATATAACTATATAAAATATATAGTTATATAACTATATATAA AATATATAAATATGTATAAATATATAT	PRR20G	ENSG00000239620.3	transcript	ENST00000465482.3	protein_coding		1870		chr3	TogoVar
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