Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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TECTA_chr11_121096243_121196490	121186127	T T	TAATGAAT others(2158): Show TAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGG GAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCA ATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGTTTAATGAATGA GTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGAT GTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATG AATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAG CAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCT TAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAGTAGGGAAA GCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGC TTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAG GGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTG AATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATG AGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGA TGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAAT GAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAA GCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGC TTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGAGTAG GGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTC AATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATG AGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGA TGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAAT GAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAA GCAGATGTTGACTGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGC TTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAG GGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTC AATGCTTAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTA GGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTT GAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAAT GAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAGTAGGGAAAGCAGATGT TCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAA TGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCA GATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTA ATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGA AAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAAT GCTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATG AGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGA TGTTCAATGCTGAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAAT GAATGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAA GCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGC TTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAG GGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTG AATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATG AGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGA TGTTCAATGCTTAATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00438.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0002 a0001c0003t0002	a0001c0003t0002g0295 a0001c0003t0002g0295	1	348	0.0029	2165	c.600 others(2184): Show c.6000-1700_6000-1699insATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAAT GCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGT AGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGT TGAATGTTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAA TGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCA GATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTA ATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGA AAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGT GCTTAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGG AAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAA TGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAG TAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATG TTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGA ATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGC AGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTT AATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGG AAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAG TGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGAG TAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGATG TTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGA ATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGC AGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTT AATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGACTGCTTAATGAATGAGTAGGG AAAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAA TGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAG TAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCA ATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGAATGA GTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGAT GTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATG AGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGA TGTTCAGTGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAAT GAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAA GCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGC TTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAG GGAAAGCAGATGTTCAATGCTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCA GATGTTGAATGCTTAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGA ATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTGAATGAATGAGTAGGGAAAGC AGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGAAGATGTTCAATGCTT AATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGG AAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAA TGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAG TAGGGAAAGCAGATGTTGAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATG TTCAATGCTTAATGAATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAGTGCTTAATGA ATGAGTAGGGAAAGCAGATGTTCAATGCTTAATGAATGA	TECTA	ENSG00000109927.11	transcript	ENST00000392793.6	protein_coding	20/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
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