Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRA1_chr10_133082924_133136675	133111178	A A	AACCACCC others(2176): Show AACCACCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCC CTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAAT CCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAG ACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACAACCTG CCCGCCGTGAGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACAACCTGCCCACCAC GGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCT CCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTA ATCCCACCAGACCACCTGCCTGCCATGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACC AGACAACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACC TGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCCCCAGACAACCTGCCCACC ACAGACACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGGCAC CTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCC TAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCA CCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCA CCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCA CCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGAC ACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCT CCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCC CACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGAC CACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCC CACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAG ACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGACACCTCC CTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAAT CCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAG ACAACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTG CCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCAC AGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCT CCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTA ATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACC AGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACC TGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACC ACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCAC CTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCC TAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCA CCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAA CCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCA CCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGC ACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCT CCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCC CTCCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGAC AACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCC CACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAG GCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGACACCTCC CTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02559.hp1 HG02559.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0008 a0001c0002t0008	a0001c0002t0008g0018 a0001c0002t0008g0018	1	368	0.0027	2183	c.401 others(2200): Show c.401+8336_401+8337insACCACCCCTCCTAATCCCACCAGACAAC CTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCAC CACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGGCA CCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTC CTAATCCCTCCAGACAACCTGCCCGCCGTGAGCACCTCCCTCCTAATCCC TCCAGACAACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACC ACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCC ACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCTGCCATGGG CACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACGGGCACCTCCC TCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATC CCCCCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGA CCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGC CCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACA GACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTC CCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAA TCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCA GACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCT GCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCA CAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACC TCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCT AATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCAC CAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCAC CTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCAC CACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCA CCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTC CTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCC ACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACC ACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCC ACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGG CACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCC TCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATC CCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGA CCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGC CCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACG GGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTC CCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAA TCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCA GACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCT GCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACCACCTGCCCACCA CGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACC TCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCT AATCCCACCAGACCACCTGCCCACCACGGGCACCTCCCTCCTAATCCCTC CAGACCACCTGCCCACCACAGGCACCTCCCTCCTAATCCCTCCAGACCAC CTGCCCACCACAGACACCTCCCTCCTAATCCCACCAGACAACCTGCCCAC CACGG	ADGRA1	ENSG00000197177.16	transcript	ENST00000392607.8	protein_coding	5/6			chr10	TogoVar
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