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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ARPC1B_chr7_99369730_99399816	99377610	G G	GCTT GCTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02970.hp1 HG06807.hp2 NA19240.hp2 HG02970.hp1 HG06807.hp2 NA19240.hp2	a0002 a0002	a0002c0003 a0002c0003	a0002c0003t0011 a0002c0003t0011	a0002c0003t0011g0256 a0002c0003t0011g0257 a0002c0003t0011g0258 a0002c0003t0011g0256 a0002c0003t0011g0257 a0002c0003t0011g0258	3	340	0.0088	3	c.-14 others(20): Show c.-14+2851_-14+2853dupCTT	ARPC1B	ENSG00000130429.16	transcript	ENST00000646101.2	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ARPC1B_chr7_99369730_99399816	99378774	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 others(71): Show HG00099.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01346.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02083.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02602.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18950.hp2 NA18965.hp2 NA18973.hp2 NA18989.hp1 NA19000.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19054.hp1 NA19078.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0021 others(11): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0021 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0009 a0001c0002t0010 a0001c0002t0012 a0001c0002t0013 a0001c0002t0014 a0001c0002t0016 a0001c0002t0025 a0002c0003t0006 a0002c0003t0018	a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0002g0116 others(61): Show a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0275 a0001c0001t0003g0051 a0001c0001t0021g0117 a0001c0002t0003g0003 a0001c0002t0003g0018 a0001c0002t0003g0032 a0001c0002t0003g0045 a0001c0002t0003g0046 a0001c0002t0003g0049 a0001c0002t0003g0050 a0001c0002t0003g0052 a0001c0002t0003g0053 a0001c0002t0003g0054 a0001c0002t0003g0055 a0001c0002t0003g0056 a0001c0002t0003g0058 a0001c0002t0003g0059 a0001c0002t0003g0067 a0001c0002t0003g0068 a0001c0002t0003g0069 a0001c0002t0004g0010 a0001c0002t0004g0011 a0001c0002t0004g0016 a0001c0002t0004g0017 a0001c0002t0004g0033 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0039 a0001c0002t0004g0040 a0001c0002t0004g0041 a0001c0002t0004g0043 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0004g0268 a0001c0002t0004g0269 a0001c0002t0004g0270 a0001c0002t0009g0019 a0001c0002t0009g0060 a0001c0002t0009g0061 a0001c0002t0009g0062 a0001c0002t0009g0066 a0001c0002t0010g0073 a0001c0002t0010g0074 a0001c0002t0010g0265 a0001c0002t0012g0016 a0001c0002t0012g0037 a0001c0002t0012g0038 a0001c0002t0012g0042 a0001c0002t0013g0015 a0001c0002t0013g0047 a0001c0002t0013g0057 a0001c0002t0013g0063 a0001c0002t0014g0015 a0001c0002t0014g0064 a0001c0002t0014g0271 a0001c0002t0016g0262 a0001c0002t0016g0263 a0001c0002t0025g0065 a0002c0003t0006g0082 a0002c0003t0006g0087 a0002c0003t0006g0088 a0002c0003t0018g0086	74	340	0.2177	3	c.-14 others(20): Show c.-14+4011_-14+4013dupTTT	ARPC1B	ENSG00000130429.16	transcript	ENST00000646101.2	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ARPC1B_chr7_99369730_99399816	99394698	G G	GAAA GAAA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 others(8): Show HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp2 HG02809.hp1 HG03130.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0010 a0001c0002t0016 a0001c0002t0019 a0001c0002t0010 a0001c0002t0016 a0001c0002t0019	a0001c0002t0010g0073 a0001c0002t0010g0074 a0001c0002t0010g0075 others(7): Show a0001c0002t0010g0073 a0001c0002t0010g0074 a0001c0002t0010g0075 a0001c0002t0010g0264 a0001c0002t0010g0265 a0001c0002t0010g0266 a0001c0002t0016g0262 a0001c0002t0016g0263 a0001c0002t0016g0281 a0001c0002t0019g0020	11	340	0.0324	3	c.22 others(12): Show c.221_*223dupAAA	ARPC1B	ENSG00000130429.16	transcript	ENST00000646101.2	protein_coding	10/10	224	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ARPC1B_chr7_99369730_99399816	99394779	T T	TAAA TAAA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02622.hp1 others(3): Show HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 NA19043.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0009 a0001c0002t0009	a0001c0002t0009g0019 a0001c0002t0009g0060 a0001c0002t0009g0061 others(2): Show a0001c0002t0009g0019 a0001c0002t0009g0060 a0001c0002t0009g0061 a0001c0002t0009g0062 a0001c0002t0009g0066	6	340	0.0177	3	c.31 others(12): Show c.310_*312dupAAA	ARPC1B	ENSG00000130429.16	transcript	ENST00000646101.2	protein_coding	10/10	313	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
ARPC2_chr2_218212189_218259348	218215618	T T	TAAA TAAA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01169.hp1 HG01975.hp1 others(17): Show HG01069.hp1 HG01169.hp1 HG01975.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02486.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG03041.hp2 HG03471.hp1 HG03492.hp1 HG03704.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0119 others(8): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0003g0028	20	332	0.0602	3	c.-16 others(14): Show c.-1645_-1644insAAA	ARPC2	ENSG00000163466.16	transcript	ENST00000315717.10	protein_coding		1570		chr2	TogoVar
ARPC2_chr2_218212189_218259348	218220743	C C	CATG CATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 others(323): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 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