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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ASTN2_chr9_116418112_117420057	117016640	A A	AACC AACC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp2 NA20752.hp2 HG01261.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0002 a0007c0018 a0001c0002 a0007c0018	a0001c0002t0001 a0007c0018t0003 a0001c0002t0001 a0007c0018t0003	a0001c0002t0001g0093 a0007c0018t0003g0031 a0001c0002t0001g0093 a0007c0018t0003g0031	2	102	0.0196	3	c.142 others(22): Show c.1424-8382_1424-8381insGGT		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	6/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117016642	A A	AGGT AGGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00735.hp2 HG01081.hp2 others(22): Show HG00099.hp1 HG00735.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01169.hp1 HG01256.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01934.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02698.hp2 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03130.hp2 HG03540.hp1 HG04199.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0004 others(1): Show a0001 a0002 a0004 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(7): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0008 a0001c0011 a0001c0014 a0001c0023 a0002c0004 a0004c0024 a0006c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(17): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0003t0003 a0001c0003t0006 a0001c0003t0014 a0001c0008t0005 a0001c0011t0004 a0001c0014t0017 a0001c0023t0002 a0002c0004t0006 a0004c0024t0013 a0006c0020t0001	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0054 others(22): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0003g0063 a0001c0001t0003g0090 a0001c0001t0004g0060 a0001c0001t0006g0079 a0001c0001t0007g0087 a0001c0001t0008g0065 a0001c0002t0001g0058 a0001c0002t0003g0066 a0001c0002t0004g0091 a0001c0003t0003g0030 a0001c0003t0006g0026 a0001c0003t0014g0083 a0001c0008t0005g0081 a0001c0011t0004g0097 a0001c0014t0017g0050 a0001c0023t0002g0069 a0002c0004t0006g0003 a0004c0024t0013g0101 a0006c0020t0001g0039	25	102	0.2451	3	c.142 others(22): Show c.1424-8384_1424-8383insACC		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	6/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117016644	A A	AACC AACC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01081.hp1 HG02559.hp2 NA19065.hp2 HG01081.hp1 HG02559.hp2 NA19065.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009	a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0008g0008 a0001c0001t0009g0086 a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0008g0008 a0001c0001t0009g0086	3	102	0.0294	3	c.142 others(22): Show c.1424-8386_1424-8385insGGT		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	6/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117016646	A A	AGGT AGGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG03209.hp2 HG00735.hp1 HG03209.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0007t0001 a0001c0001t0001 a0001c0007t0001	a0001c0001t0001g0099 a0001c0007t0001g0011 a0001c0001t0001g0099 a0001c0007t0001g0011	2	102	0.0196	3	c.142 others(22): Show c.1424-8388_1424-8387insACC		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	6/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117060415	A A	AAGG AAGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG03139.hp1 HG03209.hp2 others(2): Show HG01243.hp2 HG03139.hp1 HG03209.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0008 a0001c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0003t0014 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0003t0014 a0001c0008t0005 a0001c0012t0001	a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0003g0013 a0001c0003t0014g0083 others(2): Show a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0003g0013 a0001c0003t0014g0083 a0001c0008t0005g0073 a0001c0012t0001g0098	5	102	0.0490	3	c.127 others(24): Show c.1277-20451_1277-20450insCCT		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	5/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117116834	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG01099.hp1 others(10): Show HG00099.hp2 HG00639.hp1 HG01099.hp1 HG01934.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG03209.hp2 NA19011.hp2 NA19043.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0017	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0003t0004 a0001c0003t0005 a0001c0005t0005 a0001c0006t0002 a0001c0017t0002	a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 others(10): Show a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0002g0018 a0001c0002t0002g0059 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0062 a0001c0002t0004g0091 a0001c0003t0004g0085 a0001c0003t0005g0082 a0001c0005t0005g0007 a0001c0006t0002g0012 a0001c0017t0002g0089	13	102	0.1275	3	c.116 others(24): Show c.1169-20686_1169-20684dupTTT		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	4/22						chr9	TogoVar
ASTN2_chr9_116418112_117420057	117137024	T T	TCTG TCTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00735.hp2 HG01081.hp2 others(8): Show HG00099.hp1 HG00735.hp2 HG01081.hp2 HG01169.hp1 HG01256.hp1 HG03017.hp2 NA18959.hp2 NA19012.hp2 NA19065.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0001c0023	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0009t0008 a0001c0023t0002	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0002g0040 others(8): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0003g0063 a0001c0001t0004g0060 a0001c0001t0008g0008 a0001c0002t0003g0021 a0001c0002t0003g0094 a0001c0002t0004g0047 a0001c0009t0008g0088 a0001c0023t0002g0069	11	102	0.1078	3	c.116 others(22): Show c.1168+4299_1168+4301dupCAG		ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	4/22						chr9	TogoVar
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