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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATCAY_chr19_3875685_3933082	3899308	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00639.hp2 others(43): Show HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02273.hp2 HG03041.hp1 HG03834.hp1 HG03927.hp1 HG06807.hp1 NA18946.hp1 NA18952.hp2 NA18954.hp1 NA18966.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18981.hp1 NA18984.hp1 NA18986.hp2 NA18994.hp1 NA19011.hp1 NA19056.hp1 NA19060.hp1 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19070.hp2 NA19087.hp2 NA19090.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0001t0039 a0001c0001t0045 a0001c0008t0001	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0053 others(43): Show a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0267 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0370 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0253 a0001c0001t0002g0268 a0001c0001t0002g0353 a0001c0001t0002g0379 a0001c0001t0003g0093 a0001c0001t0003g0175 a0001c0001t0004g0131 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0241 a0001c0001t0004g0291 a0001c0001t0032g0136 a0001c0001t0034g0300 a0001c0001t0039g0362 a0001c0001t0045g0155 a0001c0008t0001g0094	46	384	0.1198	3	c.78- others(18): Show c.78-3158_78-3156dupTTT	ATCAY	ENSG00000167654.18	transcript	ENST00000450849.7	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ATCAY_chr19_3875685_3933082	3903982	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 others(16): Show HG00438.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02717.hp2 HG02818.hp2 HG02970.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG04184.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp1 NA18988.hp2 NA18991.hp2 NA19003.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0014 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0001c0001t0047	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0168 others(16): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0345 a0001c0001t0001g0382 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0262 a0001c0001t0002g0336 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0126 a0001c0001t0005g0173 a0001c0001t0006g0174 a0001c0001t0014g0038 a0001c0001t0018g0122 a0001c0001t0022g0234 a0001c0001t0047g0358	19	384	0.0495	3	c.137 others(20): Show c.137-1433_137-1431dupAAA	ATCAY	ENSG00000167654.18	transcript	ENST00000450849.7	protein_coding	3/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ATCAY_chr19_3875685_3933082	3908772	C C	CCCT CCCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02486.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp2 others(3): Show HG02486.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp2 HG03130.hp1 HG03225.hp2 HG06807.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0022 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0022 a0001c0001t0039	a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0010g0023 a0001c0001t0010g0183 others(3): Show a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0010g0023 a0001c0001t0010g0183 a0001c0001t0010g0212 a0001c0001t0022g0234 a0001c0001t0039g0362	6	384	0.0156	3	c.647 others(18): Show c.647+404_647+406dupCTC	ATCAY	ENSG00000167654.18	transcript	ENST00000450849.7	protein_coding	6/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
ATCAY_chr19_3875685_3933082	3911580	T T	TAAC TAAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(298): Show HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 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