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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141874779	C C	CTTT CTTT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00438.hp2 HG00621.hp2 HG00642.hp1 others(34): Show HG00438.hp2 HG00621.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp2 HG01167.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01884.hp1 HG01978.hp1 HG02258.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02738.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03471.hp2 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp2 HG03942.hp1 HG04184.hp1 NA18949.hp2 NA18957.hp1 NA18957.hp2 NA18964.hp2 NA18992.hp2 NA18995.hp2 NA19068.hp1 NA19072.hp2 NA19082.hp2 NA19086.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 others(34): Show a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0319 a0001c0001t0001g0321 a0001c0001t0001g0322 a0001c0001t0001g0323 a0001c0001t0001g0332 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0086 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0237 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0325 a0001c0001t0003g0091	37	408	0.0907	3	c.-20 others(14): Show c.-2023_-2022insTTT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding		1863		chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141877831	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp2 others(8): Show HG01891.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03195.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007	a0001c0001t0002g0307 a0001c0001t0003g0309 a0001c0001t0003g0310 others(8): Show a0001c0001t0002g0307 a0001c0001t0003g0309 a0001c0001t0003g0310 a0001c0001t0003g0311 a0001c0001t0003g0312 a0001c0001t0003g0313 a0001c0001t0003g0315 a0001c0001t0003g0316 a0001c0001t0007g0308 a0001c0001t0007g0314 a0001c0001t0007g0317	11	408	0.0270	3	c.109 others(18): Show c.109+933_109+935dupTTT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	1/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141879811	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01070.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp1 others(11): Show HG01070.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01884.hp2 HG02083.hp2 HG02451.hp1 HG02809.hp1 HG02922.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp2 HG03516.hp1 NA19043.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0004g0389 others(11): Show a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0004g0389 a0001c0001t0005g0341 a0001c0001t0005g0342 a0001c0001t0005g0343 a0001c0001t0006g0093 a0001c0001t0006g0096 a0001c0001t0006g0097 a0001c0001t0006g0098 a0001c0001t0006g0099 a0001c0001t0006g0100 a0001c0001t0008g0094 a0001c0002t0001g0306	14	408	0.0343	3	c.109 others(20): Show c.109+2923_109+2925dupTTT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	1/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141889746	A A	ATAT ATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp2 HG03834.hp1 NA18979.hp2 others(2): Show HG01069.hp2 HG03834.hp1 NA18979.hp2 NA18988.hp2 NA19010.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0338 a0001c0001t0004g0363 a0001c0001t0004g0364 others(2): Show a0001c0001t0004g0338 a0001c0001t0004g0363 a0001c0001t0004g0364 a0001c0001t0004g0369 a0001c0001t0004g0383	5	408	0.0123	3	c.109 others(22): Show c.109+12836_109+12837insTAT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	1/6			chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141889748	A A	ATAT ATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG03130.hp1 NA18941.hp1 others(1): Show HG01109.hp2 HG03130.hp1 NA18941.hp1 NA19076.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0004g0359 others(1): Show a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0004g0359 a0001c0001t0004g0371	4	408	0.0098	3	c.109 others(22): Show c.109+12838_109+12839insTAT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	1/6			chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141892651	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 others(6): Show HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG02040.hp2 HG02148.hp1 NA18952.hp2 NA19000.hp2 NA19087.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0012 a0001c0001t0001 a0001c0001t0012	a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 others(6): Show a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0299 a0001c0001t0012g0277	9	408	0.0221	3	c.110 others(22): Show c.110-10946_110-10944dupAAA	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	1/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP1B3_chr3_141871643_141931549	141904703	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01433.hp1 HG02451.hp2 others(11): Show HG00738.hp2 HG01433.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp1 HG02897.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 NA18939.hp2 NA19012.hp1 NA19087.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0082 others(10): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0002g0081	14	408	0.0343	3	c.238 others(18): Show c.238+976_238+978dupTTT	ATP1B3	ENSG00000069849.11	transcript	ENST00000286371.8	protein_coding	2/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP1B4_chrX_120357089_120388237	120367068	A A	ATTT ATTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18972.hp1 NA18972.hp1	a0004 a0004	a0004c0005 a0004c0005	a0004c0005t0001 a0004c0005t0001	a0004c0005t0001g0164 a0004c0005t0001g0164	1	353	0.0028	3	c.328 others(18): Show c.328+284_328+286dupTTT	ATP1B4	ENSG00000101892.12	transcript	ENST00000218008.8	protein_coding	2/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ATP1B4_chrX_120357089_120388237	120374828	A A	AGAT AGAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19012.hp1 NA19012.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0183	1	353	0.0028	3	c.563 others(18): Show c.563-544_563-543insGAT	ATP1B4	ENSG00000101892.12	transcript	ENST00000218008.8	protein_coding	4/7			chrX	TogoVar
ATP1B4_chrX_120357089_120388237	120374828	A A	ATAT ATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 others(2): Show HG01891.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG03486.hp2 NA18989.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0003g0038 a0001c0001t0006g0072 others(1): Show a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0003g0038 a0001c0001t0006g0072 a0001c0001t0006g0073	5	353	0.0142	3	c.563 others(18): Show c.563-543_563-541dupTAT	ATP1B4	ENSG00000101892.12	transcript	ENST00000218008.8	protein_coding	4/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
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