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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BCAT1_chr12_24805024_24954101	24808435	A A	ATTT ATTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 NA18946.hp2 NA18972.hp1 others(3): Show HG00558.hp1 NA18946.hp2 NA18972.hp1 NA18990.hp1 NA18990.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0010 a0001c0001t0051 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0010 a0001c0001t0051 a0001c0001t0125	a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0144 others(3): Show a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0010g0311 a0001c0001t0051g0310 a0001c0001t0125g0221	6	322	0.0186	3	c.95 others(14): Show c.9572_*9573insAAA	BCAT1	ENSG00000060982.15	transcript	ENST00000261192.12	protein_coding		1588		chr12	TogoVar
BCAT1_chr12_24805024_24954101	24835595	A A	ATTT ATTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01255.hp1 others(4): Show HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01255.hp1 HG02109.hp1 HG03017.hp2 HG03209.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0009 a0001c0001t0020 a0001c0001t0041 others(2): Show a0001c0001t0009 a0001c0001t0020 a0001c0001t0041 a0001c0001t0071 a0001c0001t0102	a0001c0001t0009g0214 a0001c0001t0020g0087 a0001c0001t0020g0293 others(4): Show a0001c0001t0009g0214 a0001c0001t0020g0087 a0001c0001t0020g0293 a0001c0001t0020g0294 a0001c0001t0041g0008 a0001c0001t0071g0088 a0001c0001t0102g0059	7	322	0.0217	3	c.903 others(18): Show c.903+915_903+916insAAA	BCAT1	ENSG00000060982.15	transcript	ENST00000261192.12	protein_coding	8/10			chr12	TogoVar
BCAT1_chr12_24805024_24954101	24836898	A A	AAAG AAAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01361.hp2 HG01978.hp2 NA18940.hp2 others(6): Show HG01361.hp2 HG01978.hp2 NA18940.hp2 NA18956.hp2 NA18964.hp2 NA18971.hp2 NA19057.hp2 NA19085.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0060 a0001c0001t0065 others(1): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0060 a0001c0001t0065 a0001c0001t0132	a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0080 a0001c0001t0003g0134 others(6): Show a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0080 a0001c0001t0003g0134 a0001c0001t0003g0240 a0001c0001t0003g0242 a0001c0001t0003g0277 a0001c0001t0060g0097 a0001c0001t0065g0065 a0001c0001t0132g0314	9	322	0.0280	3	c.818 others(18): Show c.818-303_818-302insCTT	BCAT1	ENSG00000060982.15	transcript	ENST00000261192.12	protein_coding	7/10			chr12	TogoVar
BCAT1_chr12_24805024_24954101	24836955	A A	AAAG AAAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 others(24): Show HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01978.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02683.hp2 HG02738.hp1 HG02965.hp1 HG03017.hp1 HG04204.hp1 NA18940.hp2 NA18956.hp2 NA18961.hp2 NA18964.hp2 NA18971.hp2 NA18992.hp2 NA19030.hp2 NA19057.hp2 NA19066.hp2 NA19085.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0028 a0001c0001t0032 a0001c0001t0052 a0001c0001t0060 a0001c0001t0065 a0001c0001t0088 a0001c0001t0089 a0001c0001t0131 a0001c0001t0132 a0001c0002t0019	a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0003g0025 others(24): Show a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0003g0025 a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0080 a0001c0001t0003g0134 a0001c0001t0003g0212 a0001c0001t0003g0215 a0001c0001t0003g0240 a0001c0001t0003g0242 a0001c0001t0003g0277 a0001c0001t0005g0222 a0001c0001t0005g0226 a0001c0001t0005g0228 a0001c0001t0028g0021 a0001c0001t0032g0139 a0001c0001t0032g0276 a0001c0001t0052g0199 a0001c0001t0060g0097 a0001c0001t0065g0065 a0001c0001t0088g0099 a0001c0001t0089g0255 a0001c0001t0131g0308 a0001c0001t0132g0314 a0001c0002t0019g0043 a0001c0002t0019g0069	27	322	0.0839	3	c.818 others(18): Show c.818-360_818-359insCTT	BCAT1	ENSG00000060982.15	transcript	ENST00000261192.12	protein_coding	7/10			chr12	TogoVar
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