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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BICD1_chr12_32101847_32388633	32105400	C C	CTTT CTTT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 others(43): Show HG00438.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01496.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp1 HG02300.hp2 HG02523.hp1 HG02615.hp2 HG03139.hp1 HG03486.hp1 HG03492.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp1 NA18612.hp2 NA18946.hp2 NA18948.hp1 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp2 NA18988.hp1 NA19011.hp2 NA19064.hp1 NA19083.hp1 NA19090.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0047 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0041 a0001c0002t0045 a0001c0002t0051 a0001c0003t0013 a0001c0008t0003	a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0197 others(43): Show a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0003g0198 a0001c0001t0003g0203 a0001c0001t0003g0205 a0001c0001t0003g0225 a0001c0001t0003g0229 a0001c0001t0003g0232 a0001c0001t0003g0257 a0001c0001t0003g0261 a0001c0001t0003g0272 a0001c0001t0003g0273 a0001c0001t0003g0284 a0001c0001t0011g0235 a0001c0001t0011g0254 a0001c0001t0011g0259 a0001c0001t0011g0269 a0001c0001t0012g0265 a0001c0001t0047g0247 a0001c0002t0001g0175 a0001c0002t0001g0200 a0001c0002t0001g0220 a0001c0002t0001g0224 a0001c0002t0001g0231 a0001c0002t0001g0267 a0001c0002t0002g0172 a0001c0002t0002g0207 a0001c0002t0002g0228 a0001c0002t0002g0241 a0001c0002t0002g0263 a0001c0002t0003g0238 a0001c0002t0041g0176 a0001c0002t0045g0201 a0001c0002t0051g0266 a0001c0003t0013g0189 a0001c0003t0013g0277 a0001c0008t0003g0206	46	290	0.1586	3	c.-19 others(14): Show c.-1932_-1931insTTT	BICD1	ENSG00000151746.15	transcript	ENST00000652176.1	protein_coding		1446		chr12	TogoVar
BICD1_chr12_32101847_32388633	32112001	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 others(15): Show HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG02055.hp2 HG02451.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02922.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03579.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 others(5): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0016 a0001c0002t0005 a0001c0002t0007	a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0006g0152 a0001c0001t0006g0153 others(15): Show a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0006g0152 a0001c0001t0006g0153 a0001c0001t0006g0155 a0001c0001t0006g0156 a0001c0001t0006g0157 a0001c0001t0006g0160 a0001c0001t0006g0162 a0001c0001t0006g0163 a0001c0001t0006g0164 a0001c0001t0006g0165 a0001c0001t0007g0167 a0001c0001t0009g0159 a0001c0001t0010g0158 a0001c0001t0010g0161 a0001c0001t0016g0154 a0001c0002t0005g0151 a0001c0002t0007g0150	18	290	0.0621	3	c.213 others(20): Show c.213+4477_213+4479dupTTT	BICD1	ENSG00000151746.15	transcript	ENST00000652176.1	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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