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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BMPR2_chr2_202371327_202572749	202531930	A A	ATTT ATTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00642.hp2 HG00738.hp1 others(13): Show HG00140.hp1 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01257.hp2 HG02559.hp2 HG02630.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03579.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp1 HG04228.hp2 NA18994.hp2 NA19082.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0001t0027 a0001c0001t0035	a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0113 others(13): Show a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0004g0119 a0001c0001t0007g0121 a0001c0001t0017g0090 a0001c0001t0017g0122 a0001c0001t0020g0108 a0001c0001t0027g0140 a0001c0001t0035g0174	16	224	0.0714	3	c.112 others(20): Show c.1129-630_1129-628dupTTT	BMPR2	ENSG00000204217.16	transcript	ENST00000374580.10	protein_coding	8/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
BMPR2_chr2_202371327_202572749	202568384	G G	GTGA GTGA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(219): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02027.hp1 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a0001c0005 a0002c0003 a0003c0008 a0004c0007 a0005c0004 a0006c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(54): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0040 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 a0001c0001t0045 a0001c0001t0047 a0001c0001t0048 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0052 a0001c0002t0002 a0001c0002t0012 a0001c0002t0018 a0001c0002t0044 a0001c0002t0046 a0001c0002t0051 a0001c0005t0001 a0002c0003t0001 a0003c0008t0003 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