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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BRWD1_chr21_39180482_39318632	39248641	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG02602.hp2 HG04228.hp2 others(3): Show HG00544.hp2 HG02602.hp2 HG04228.hp2 NA18946.hp1 NA18962.hp1 NA18970.hp1	a0002 a0013 a0016 a0002 a0013 a0016	a0002c0002 a0013c0015 a0016c0017 a0002c0002 a0013c0015 a0016c0017	a0002c0002t0001 a0013c0015t0001 a0016c0017t0050 a0002c0002t0001 a0013c0015t0001 a0016c0017t0050	a0002c0002t0001g0193 a0002c0002t0001g0198 a0002c0002t0001g0205 others(3): Show a0002c0002t0001g0193 a0002c0002t0001g0198 a0002c0002t0001g0205 a0002c0002t0001g0231 a0013c0015t0001g0220 a0016c0017t0050g0206	6	338	0.0178	3	c.235 others(20): Show c.2350-812_2350-810dupTTT	BRWD1	ENSG00000185658.14	transcript	ENST00000342449.8	protein_coding	20/40			chr21	TogoVar
BRWD1_chr21_39180482_39318632	39252249	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01884.hp1 others(9): Show HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01884.hp1 HG02027.hp2 HG02074.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02738.hp2 HG03041.hp1 HG03516.hp2 NA18974.hp2 NA19000.hp1	a0001 a0009 a0001 a0009	a0001c0001 a0009c0022 a0001c0001 a0009c0022	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0065 a0009c0022t0004	a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0003g0305 a0001c0001t0003g0308 others(9): Show a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0003g0305 a0001c0001t0003g0308 a0001c0001t0004g0257 a0001c0001t0004g0260 a0001c0001t0004g0261 a0001c0001t0004g0262 a0001c0001t0004g0263 a0001c0001t0004g0264 a0001c0001t0004g0269 a0001c0001t0065g0259 a0009c0022t0004g0256	12	338	0.0355	3	c.225 others(22): Show c.2256-1363_2256-1361dupTTT	BRWD1	ENSG00000185658.14	transcript	ENST00000342449.8	protein_coding	19/40			chr21	TogoVar
BRWD1_chr21_39180482_39318632	39253286	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01070.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp1 others(3): Show HG01070.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp1 HG03688.hp1 NA18981.hp2 NA20129.hp1	a0003 a0003	a0003c0004 a0003c0005 a0003c0004 a0003c0005	a0003c0004t0005 a0003c0004t0030 a0003c0005t0007 a0003c0004t0005 a0003c0004t0030 a0003c0005t0007	a0003c0004t0005g0123 a0003c0004t0005g0125 a0003c0004t0005g0130 others(3): Show a0003c0004t0005g0123 a0003c0004t0005g0125 a0003c0004t0005g0130 a0003c0004t0030g0131 a0003c0005t0007g0107 a0003c0005t0007g0113	6	338	0.0178	3	c.225 others(22): Show c.2255+2356_2255+2358dupTTT	BRWD1	ENSG00000185658.14	transcript	ENST00000342449.8	protein_coding	19/40			chr21	TogoVar
BRWD1_chr21_39180482_39318632	39294484	T T	TGTC TGTC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(263): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 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