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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BTAF1_chr10_91918770_92036437	92007210	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01099.hp2 others(14): Show HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01099.hp2 HG01175.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01517.hp2 HG02717.hp2 HG02895.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03942.hp2 NA20129.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0006 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0006 a0001c0012	a0001c0001t0001 a0001c0006t0001 a0001c0012t0001 a0001c0001t0001 a0001c0006t0001 a0001c0012t0001	a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 others(13): Show a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0006t0001g0001 a0001c0012t0001g0121	17	330	0.0515	3	c.366 others(20): Show c.3661-889_3661-887dupTTT	BTAF1	ENSG00000095564.15	transcript	ENST00000265990.12	protein_coding	25/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
BTBD10_chr11_13383008_13468222	13412455	A A	AAAC AAAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01891.hp2 others(5): Show HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG02486.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03486.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0291 others(5): Show a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0064	8	356	0.0225	3	c.808 others(20): Show c.808+1072_808+1074dupGTT	BTBD10	ENSG00000148925.11	transcript	ENST00000278174.10	protein_coding	6/8			chr11	TogoVar
BTBD10_chr11_13383008_13468222	13418971	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG01978.hp2 HG02922.hp1 others(3): Show HG01891.hp2 HG01978.hp2 HG02922.hp1 HG03486.hp2 NA19062.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0290 others(3): Show a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0294	6	356	0.0169	3	c.584 others(18): Show c.584+486_584+488dupAAA	BTBD10	ENSG00000148925.11	transcript	ENST00000278174.10	protein_coding	4/8			chr11	TogoVar
BTBD10_chr11_13383008_13468222	13421108	T T	TATC TATC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(226): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 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