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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNB2_chr10_18135424_18548557	18492620	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp2 others(21): Show HG00738.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01978.hp1 HG02056.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02523.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03704.hp1 NA18952.hp1 NA18981.hp2 NA18994.hp2 NA19002.hp1 NA19043.hp1 NA19082.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0032 a0001c0002t0002 a0001c0002t0017 a0001c0002t0020 a0001c0002t0027 a0001c0002t0030 a0001c0002t0043 a0001c0002t0044 a0001c0002t0059 a0001c0004t0010	a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0003g0087 others(21): Show a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0032g0120 a0001c0002t0002g0035 a0001c0002t0002g0043 a0001c0002t0002g0070 a0001c0002t0002g0071 a0001c0002t0002g0075 a0001c0002t0002g0113 a0001c0002t0002g0146 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0017g0148 a0001c0002t0020g0103 a0001c0002t0020g0145 a0001c0002t0027g0016 a0001c0002t0030g0046 a0001c0002t0043g0101 a0001c0002t0044g0138 a0001c0002t0059g0054 a0001c0004t0010g0116 a0001c0004t0010g0122	24	200	0.1200	3	c.334 others(20): Show c.334-5719_334-5717dupAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	3/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18496185	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp2 others(24): Show HG00738.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01978.hp1 HG02056.hp1 HG02148.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02523.hp1 HG02615.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03704.hp1 HG04228.hp1 NA18952.hp1 NA18981.hp2 NA18994.hp2 NA19002.hp1 NA19043.hp1 NA19082.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0012 a0001c0001t0032 a0001c0002t0002 a0001c0002t0017 a0001c0002t0020 a0001c0002t0027 a0001c0002t0030 a0001c0002t0043 a0001c0002t0059 a0001c0004t0010	a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0127 others(24): Show a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0006g0017 a0001c0001t0012g0003 a0001c0001t0032g0120 a0001c0002t0002g0035 a0001c0002t0002g0043 a0001c0002t0002g0070 a0001c0002t0002g0071 a0001c0002t0002g0075 a0001c0002t0002g0113 a0001c0002t0002g0129 a0001c0002t0002g0146 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0017g0148 a0001c0002t0020g0103 a0001c0002t0020g0145 a0001c0002t0027g0016 a0001c0002t0030g0046 a0001c0002t0043g0101 a0001c0002t0059g0054 a0001c0004t0010g0116 a0001c0004t0010g0122	27	200	0.1350	3	c.334 others(20): Show c.334-2151_334-2149dupAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	3/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18499637	A A	AAAG AAAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01981.hp2 HG02258.hp1 others(8): Show HG01243.hp1 HG01981.hp2 HG02258.hp1 HG02293.hp2 HG02559.hp1 HG02630.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp1 HG03540.hp2 HG04228.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0019 a0001c0002t0002 a0001c0002t0027 a0001c0005t0022	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0004g0161 others(8): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0008g0063 a0001c0001t0011g0055 a0001c0001t0019g0124 a0001c0002t0002g0129 a0001c0002t0002g0185 a0001c0002t0027g0016 a0001c0005t0022g0090 a0001c0005t0022g0186	11	200	0.0550	3	c.456 others(20): Show c.456+1163_456+1165dupGAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	4/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18499805	T T	TACA TACA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 others(5): Show HG01071.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG02145.hp1 HG02647.hp1 HG02970.hp2 HG03195.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0021 others(2): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0021 a0001c0001t0023 a0001c0001t0040	a0001c0001t0006g0005 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0006g0174 others(5): Show a0001c0001t0006g0005 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0006g0174 a0001c0001t0007g0182 a0001c0001t0021g0077 a0001c0001t0023g0191 a0001c0001t0023g0192 a0001c0001t0040g0021	8	200	0.0400	3	c.457 others(20): Show c.457-1006_457-1005insCAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	4/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18513101	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 others(125): Show HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01109.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03041.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 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