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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CACNG2_chr22_36555857_36708752	36654013	T T	TGTG TGTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004	a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0004g0059 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0004g0059	2	214	0.0094	3	c.211 others(22): Show c.211+48352_211+48353insCAC	CACNG2	ENSG00000166862.7	transcript	ENST00000300105.7	protein_coding	1/3			chr22	TogoVar
CACNG2_chr22_36555857_36708752	36655736	C C	CCTT CCTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01192.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 others(26): Show HG01192.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 others(19): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0055 a0001c0001t0059 a0001c0001t0063 a0001c0001t0064 a0001c0001t0066 a0001c0001t0072 a0001c0001t0077 a0001c0001t0080 a0001c0001t0086 a0001c0001t0087	a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0035 others(26): Show a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0008g0150 a0001c0001t0011g0102 a0001c0001t0011g0104 a0001c0001t0012g0146 a0001c0001t0012g0173 a0001c0001t0015g0043 a0001c0001t0018g0028 a0001c0001t0020g0100 a0001c0001t0020g0101 a0001c0001t0022g0129 a0001c0001t0022g0132 a0001c0001t0041g0010 a0001c0001t0042g0006 a0001c0001t0050g0096 a0001c0001t0051g0095 a0001c0001t0055g0106 a0001c0001t0059g0109 a0001c0001t0063g0116 a0001c0001t0064g0128 a0001c0001t0066g0133 a0001c0001t0072g0148 a0001c0001t0077g0140 a0001c0001t0080g0147 a0001c0001t0086g0195 a0001c0001t0087g0186	29	214	0.1355	3	c.211 others(22): Show c.211+46629_211+46630insAAG	CACNG2	ENSG00000166862.7	transcript	ENST00000300105.7	protein_coding	1/3			chr22	TogoVar
CACNG2_chr22_36555857_36708752	36661966	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG02630.hp1 HG03491.hp2 others(5): Show HG01346.hp1 HG02630.hp1 HG03491.hp2 HG04199.hp2 NA18961.hp1 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19064.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0068 a0001c0001t0069 a0001c0001t0079 a0001c0001t0101	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0005g0110 others(5): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0005g0110 a0001c0001t0009g0121 a0001c0001t0068g0135 a0001c0001t0069g0138 a0001c0001t0079g0158 a0001c0001t0101g0202	8	214	0.0374	3	c.211 others(22): Show c.211+40397_211+40399dupAAA	CACNG2	ENSG00000166862.7	transcript	ENST00000300105.7	protein_coding	1/3			chr22	TogoVar
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