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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNG7_chr19_53904278_53948950	53935634	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 others(10): Show HG00609.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01257.hp2 HG01884.hp2 HG02027.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02895.hp2 HG03516.hp1 HG06807.hp2 NA18950.hp2 NA18954.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011	a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0131 others(9): Show a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0004g0193 a0001c0001t0004g0354 a0001c0001t0011g0349	13	364	0.0357	3	c.425 others(20): Show c.425-5815_425-5813dupTTT	CACNG7	ENSG00000105605.8	transcript	ENST00000391767.6	protein_coding	4/5		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
CACNG7_chr19_53904278_53948950	53946589	T T	TATA TATA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01261.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 others(6): Show HG01261.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02630.hp1 HG03831.hp2 HG04228.hp2 NA19001.hp2 NA19012.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0013 a0001c0001t0019 a0001c0001t0001 a0001c0001t0013 a0001c0001t0019	a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0062 others(6): Show a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0323 a0001c0001t0013g0009 a0001c0001t0019g0281	9	364	0.0247	3	c.42 others(14): Show c.4296_*4297insATA	CACNG7	ENSG00000105605.8	transcript	ENST00000391767.6	protein_coding		2640		chr19	TogoVar
CACNG8_chr19_53957937_53995215	53961463	T T	TGGG TGGG	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 others(46): Show HG00438.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp2 HG01358.hp2 HG01516.hp1 HG02074.hp1 HG02148.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02630.hp1 HG02683.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03579.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG04184.hp1 NA18906.hp1 NA18942.hp2 NA18955.hp2 NA18968.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18978.hp2 NA18984.hp2 NA18994.hp1 NA19000.hp2 NA19007.hp2 NA19063.hp1 NA19065.hp1 NA19067.hp2 NA19077.hp2 NA19084.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(25): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0019 a0001c0001t0024 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0001t0040 a0001c0001t0045 a0001c0001t0047 a0001c0001t0068 a0001c0001t0095 a0001c0001t0096 a0001c0001t0105 a0001c0001t0118 a0001c0001t0125 a0001c0001t0130 a0001c0001t0136	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0015 others(42): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0250 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0004g0010 a0001c0001t0005g0009 a0001c0001t0006g0158 a0001c0001t0007g0002 a0001c0001t0009g0011 a0001c0001t0012g0014 a0001c0001t0015g0087 a0001c0001t0016g0007 a0001c0001t0016g0061 a0001c0001t0019g0041 a0001c0001t0024g0047 a0001c0001t0026g0042 a0001c0001t0026g0266 a0001c0001t0027g0255 a0001c0001t0028g0057 a0001c0001t0028g0058 a0001c0001t0032g0007 a0001c0001t0034g0074 a0001c0001t0040g0070 a0001c0001t0040g0145 a0001c0001t0045g0218 a0001c0001t0047g0001 a0001c0001t0068g0080 a0001c0001t0095g0043 a0001c0001t0096g0043 a0001c0001t0105g0094 a0001c0001t0118g0055 a0001c0001t0125g0105 a0001c0001t0130g0002 a0001c0001t0136g0177	49	394	0.1244	3	c.-16 others(14): Show c.-1680_-1679insGGG	CACNG8	ENSG00000142408.7	transcript	ENST00000270458.4	protein_coding		1473		chr19	TogoVar
CACNG8_chr19_53957937_53995215	53961620	C C	CGGG CGGG	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp2 others(43): Show HG00544.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG01070.hp2 HG01109.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG02004.hp1 HG02074.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03471.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 NA18612.hp2 NA18906.hp1 NA18942.hp2 NA18948.hp2 NA18950.hp1 NA18953.hp2 NA18971.hp2 NA18975.hp1 NA18978.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18991.hp2 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp2 NA19010.hp2 NA19063.hp1 NA19070.hp1 NA19082.hp1 NA19083.hp1 NA19090.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(25): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0033 a0001c0001t0040 a0001c0001t0047 a0001c0001t0048 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0058 a0001c0001t0079 a0001c0001t0088 a0001c0001t0100 a0001c0001t0101 a0001c0001t0123 a0001c0001t0130 a0001c0001t0139 a0001c0001t0142 a0001c0001t0143	a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0015 others(41): Show a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0003g0101 a0001c0001t0005g0009 a0001c0001t0005g0140 a0001c0001t0006g0003 a0001c0001t0006g0246 a0001c0001t0007g0002 a0001c0001t0007g0029 a0001c0001t0008g0106 a0001c0001t0008g0109 a0001c0001t0008g0134 a0001c0001t0008g0204 a0001c0001t0012g0002 a0001c0001t0024g0047 a0001c0001t0024g0099 a0001c0001t0025g0117 a0001c0001t0027g0254 a0001c0001t0028g0058 a0001c0001t0033g0228 a0001c0001t0040g0070 a0001c0001t0047g0249 a0001c0001t0048g0041 a0001c0001t0050g0012 a0001c0001t0051g0001 a0001c0001t0058g0216 a0001c0001t0079g0031 a0001c0001t0088g0016 a0001c0001t0100g0031 a0001c0001t0101g0009 a0001c0001t0123g0133 a0001c0001t0130g0002 a0001c0001t0139g0238 a0001c0001t0142g0231 a0001c0001t0143g0002	46	394	0.1168	3	c.-15 others(14): Show c.-1523_-1522insGGG	CACNG8	ENSG00000142408.7	transcript	ENST00000270458.4	protein_coding		1316		chr19	TogoVar
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