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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CADM2_chr3_84953989_86079429	85370215	A A	AAAT AAAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00738.hp1 others(34): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00738.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01243.hp1 HG01361.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03834.hp1 HG04199.hp1 HG04228.hp1 NA18982.hp2 NA18984.hp1 NA18989.hp1 NA19009.hp1 NA19043.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(21): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0012 a0001c0001t0023 a0001c0001t0029 a0001c0001t0038 a0001c0001t0040 a0001c0001t0045 a0001c0001t0050 a0001c0002t0007 a0001c0002t0011 a0001c0002t0016 a0001c0002t0034 a0001c0002t0048 a0001c0002t0051 a0001c0003t0024 a0001c0004t0001 a0001c0004t0033	a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0084 others(34): Show a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0073 a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0092 a0001c0001t0004g0053 a0001c0001t0004g0064 a0001c0001t0004g0117 a0001c0001t0005g0083 a0001c0001t0005g0123 a0001c0001t0005g0128 a0001c0001t0007g0029 a0001c0001t0008g0141 a0001c0001t0009g0094 a0001c0001t0012g0129 a0001c0001t0023g0003 a0001c0001t0029g0145 a0001c0001t0038g0142 a0001c0001t0040g0024 a0001c0001t0045g0134 a0001c0001t0050g0107 a0001c0002t0007g0095 a0001c0002t0011g0140 a0001c0002t0016g0051 a0001c0002t0016g0098 a0001c0002t0034g0046 a0001c0002t0048g0096 a0001c0002t0051g0005 a0001c0003t0024g0004 a0001c0004t0001g0111 a0001c0004t0033g0110	37	146	0.2534	3	c.62- others(22): Show c.62-356265_62-356263dupTAA	CADM2	ENSG00000175161.14	transcript	ENST00000383699.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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